藤宫周所住公寓的隔壁，住着学校第一的美少女椎名真昼。两人原本并没有什么瓜葛。有一天，周看到她淋在雨中，把伞借给了她。此后，两人开始了不可思议的交流。 真昼看不下去周自甘堕落的独居生活，帮忙做饭、打扫房间，在各个方面都照顾着周。 真昼渴望家庭间的关系，逐渐敞开心扉开始撒娇，而周却不能完全带着自信接受她的好意。两人尽管不坦率，但还是一点一点缩短着距离……
柏木空（田村睦心 配音）是一名平凡的男子高中生，因为父亲是一位冒险家，常常不在家，因此，从很小的时候起柏木空就开始独立生活，变得非常擅长料理家事。这一天，柏木空收到了父亲从埃及寄来的包裹，打开包裹后，一个小小的木乃伊出现在了柏木空的面前，看着这个瑟瑟发抖的迷之生物，柏木空哭笑不得。 就这样，柏木空开始了和木乃伊一起的生活，肩负起了照顾小木乃伊的职责。之后，更多奇形怪状的生物出现在柏木空的身边——个性暴躁贪吃又懒惰的可尼、成熟稳重智商超群的阿勇。
江浩一（沈达威 配音）是一个其貌不扬个性普通的平凡高中生，然而，这样的他却在某一天里成为了校园内诸多女生争相爱慕的对象，就连身处事件漩涡中心的江浩一都搞不懂究竟发生了什么。在校方正要对江浩一兴师问罪之际，时间停止了，爱神从天而降。爱神告诉江浩一，造成这一切混乱的原因，在于江浩一在误打误撞之中将被施了爱情魔法的巧克力分给了女生们，魔法使得女生们对江浩一产生了恋爱的错觉。要解决这个麻烦，江浩一必须一一帮助这些中了魔法的女生们实现她们心中真正的愿望，这对于性格有些内向的江浩一来说，可不是一件轻松的活计。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
「若能永远单恋……不觉得比两情相悦还幸福吗？」为了保护阿良良木历，和神进行生命交易的少女──战场原黑仪。约定「忌日」将近的寒假，她选择的是最黑、最恶劣的手段……〈物语〉承受重压而轧轢、扭曲、哀号──这就是现代的怪异！怪异！怪异！青春，是为了和你相恋。
