「被学妹给弄哭了……!!」某天放学后偶然去了图书室，却在那里被超级“抖S”学妹给盯上了！欺负、刁难学长，吵吵闹闹的她的名字是——『长瀞同学』！可恨却又可爱。饱受苦难却又想陪在她身边。这是让你的内心有什么东西觉醒的“S娇少女”的故事。
在为“杀意之波动”所困扰的隆的面前，出现自称是弟弟的少年瞬。与瞬相处一段时间后，隆逐渐与他产生了兄弟之情。在格斗比赛中，和隆一样展现出“杀意之波动”的瞬被人绑架了。瞬真的是隆的弟弟吗？绑架瞬的人到底有什么目的？
时值19世纪，名门特兰西家的家主亚洛斯，是个金发碧眼的美少年。在他刚出生没多久，便遭“精灵”掳走，直到数年前，才和“黑执事”克劳德，一起回到特兰西家。克劳德对主人绝对忠诚，总是陪伴在他身边，优雅达成各种任务。但是除了名字以外，没有人知道克劳德的过去与来历。而亚洛斯的叔叔，平时就懒得无厌、视财如命。为了自己的利益，竟开始对她们的身份起疑。
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
