这是五十年后的未来，世界被“神”吞噬殆尽而荒芜的架空故事。 由于遭到突如其来的怪物“荒神”的破坏而失去平衡。在人类文明既有的兵器都因荒神的“捕食”本能而无效化下，生化科技企业“芬里尔”成功利用荒神细胞开发出了名为“神机”的生物兵器。并同时组织了特殊部队“GOD EATER”。自此，人类终于获得了与荒神对抗的力量。 于是，追求知性之极致的荒神，与追求物种延续的人类之间的战争便此展开。在破灭的尽头，究竟是神会先成为人，还是人会先成为神呢？竞争开始了。GOD EATER的任务是把靠近地下居住区的荒神击退，并且把荒神的核心和素材带回。在这样的背景下，玩家将会扮演一名神机使，开始了与死亡擦身而过的每一天。
青年·下吕担任家业延续数百年的杀手『用毒人』。 从事见不得光的工作，又不擅长跟女性交流，他认为自己不该结婚。 然而，为了延续『用毒人』的血统，老家宣布将强制要求他的妹妹生下接班人。 此时，下吕遇见了原本是工作目标的婚姻骗子‧城崎…？ 「那样的提案〈求婚〉，还是头一遭。」 把婚姻骗子当成提供建议的人，展开了杀手的婚姻活动！
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
