故事发生在炎帝、黄帝所在的蛮荒时代。正值群雄逐鹿中原之际，天下公认的领袖——神农帝去世，金、木、水、火、土各族群雄皆蠢蠢欲动。波涛暗涌的时代中，少年拓拔野横空出世，在机缘巧合下得到了神农帝临终传承，开始了一段惊心动魄的传奇历程。
想要过普通生活的中学2年生·影山茂夫，通称“龙套”。有着一瞬间就会混杂在人群中的不起眼外表的他，实际上拥有比任何人都要强力的超能力……这样的龙套与周围人们之间的青春与恋爱，静静地累积直至爆发的种种感情。以及，曾经阻挡在龙套面前的神秘组织“爪”的再临。正处青春期的少年的灵魂在咆哮，他的明天究竟会走向何方！？
為迎接機動戰士鋼彈SEED十周年的2012年，官方於2011年8月26日啟動「HD Remaster Project（高畫質再製企劃）」，畫面尺寸比將從原先的4：3升級為16：9寬螢幕，線性PCM音源化，部分音樂採用混音版，局部畫面的替換和修正，各特效與背景的處理變更，並整合特別版三部作以及「DESTINY」的賽璐珞片，再編輯為全48話，收錄至Blu-ray共四卷BOX販售。相較於過去其他鋼彈作品的Remaster僅是單純的高畫質化，本作有著更全面的提升。「機動戰士鋼彈SEED HD」於2011年12月23日起在BandaiChannel針對日本國內進行限定放送，TV方面則於2012年1月1日起在日本BS11播映。gundam.info同時提供附有簡體中文(已不再提供)、繁體中文、英文和韓文字幕影片的網路配信。愛奇藝將本作命名為「機動戰士高達SEED HD Remaster」於2011年12月23日11時起播出。
出云风子在8岁时，因自己的能力“不幸”造成了一场200人死亡的飞机事故，而她的双亲也在事故中丧生，她自此10年闭门不出。2020年8月，在一直追看的长篇少女漫画连载完结后，她决定自杀。此时她遇见拥有“不死”能力的安迪。安迪凭借其强大的再生能力，即使在风子“不幸”能力的影响下仍能生还。阻止风子自杀后，两人出发寻找让安迪死去的方法。 随后，风子发现世上还有其他人拥有类似的异能。能够否定某事物的人被称为“否定者”，亦有由否定者组成的组织“Union”。“Union”的职责为完成“默示录”所给予的任务，例如去讨伐UMA（未确认生物）等，以规避世界再被添加“规则”，然后导致世界灭亡的下场。
