故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。 在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了， 小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了! 在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
849年，立志成为宪兵的让经过两年的艰苦历练终于实现愿望，荣归故里。他们在托洛斯特地区的街头巷尾进行实战演习，原本踌躇满志的让接二连三被队友赶超，心中满是愤懑和不甘。赛后他和沙夏等队友发生争吵，并且发誓要在次日的对决中一决胜负。就在此时酒气熏熏的皮克西斯司令突然出现，他宣称将由自己充当裁判，而比赛的内容则改为料理对决。为了找到上等的食材，让和伙伴们纵马来到野外，准备猎杀之前为害乡里的野猪，谁知沙夏一行也尾随而至。沙夏她们最先与野猪遭遇，而事态则朝着难以预测的方向发展……
