物語は新たなステージへ── 『POP IN ２』のリリースから半年。 ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。 アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。 一方で、かなは以前の明るさを失っていた。 そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。 ────嘘を、武器にして。
普通的上班族藤木户健二，他的妻子在忍者斗争中丧命。在他濒死之际，竟然被神祕的忍者灵魂附身了！捡回一命的藤木户，从此成为“忍者终结者”，专门终结忍者，为了复仇而战！以近未来都市新埼玉为舞台，忍者杀手VS忍者的生死决斗揭开序幕.....
在仙魔共存之世，桃山大王小桃花因与宿敌打架不慎跌下山头化为原型一束桃枝，却被一个名为长留的俊俏僧人捡回庙中悉心照料。桃花渐渐对长留产生感情，但长留似乎对桃花有所隐瞒，还牵扯到一段不为人知的过去。
地球已经很久没有遭受怪兽的侵害了，似乎恢复了和平。 人类将目光进一步转向宇宙，因此对抗怪兽灾难的队伍规模也在逐步缩小。 而就在这时，神秘宇宙漂浮体“斯菲亚”突然向地球发动攻击。地球与宇宙的联系被斩断，变成了“孤独的行星”。 斯菲亚的恶魔之手也逼近了主角明日见奏大的日常生活，它不停地制造着破坏，最终从漂浮体变成了巨大的形态…… 奏大不顾危险、勇敢地挑战敌人，终于变身成德凯奥特曼。 “就是现在，上吧！” 奏大手握德凯奥特曼的“光”，为了保护昔日的和平奋勇迎战。 为了对抗斯菲亚，新精英队“GUTS-SELECT”重新建立。奏大作为新“精英胜利队”的新队员，与年轻的伙伴们一起对抗巨大的敌人！
