在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
作为忍者后裔被祖父抚养长大、拥有与动物对话能力的高中生·我妻二郎，某日在森林中遇见了受伤倒地的黑猫·罗睺。 看似普通的黑猫罗睺，其真实身份竟是曾被称为“黑色凶星”的传说级怪物？！ 企图利用罗睺强大力量的怪物暗影悄然逼近…… 与此同时，负责监视与清除怪物的国家秘密组织“公仪隐密局”也介入其中。 在各方势力围绕罗睺之力展开激烈角逐的漩涡中，二郎与罗睺所展现的“觉悟”究竟是—— 由怪物与少年相遇开启的“忍”之战， 此刻正式拉开帷幕——！！！
十三世纪，幼小的奴隶希塔拉在伊朗东部城市图斯被奴隶商委托给一个学者辈出的家族进行教育。希塔拉起初试图逃跑，但她被教导了知识的重要性，希塔拉在这里被女主人法蒂玛视为女儿般的宠爱，并学习了欧几里得的《几何原本》等诸多知识。家族的继承人穆罕默德为了研究学问而前往内沙布尔后 8 年，图斯遭到蒙古人的袭击。希塔拉被拖雷的军队俘虏，法蒂玛为了保护希塔拉而被杀害。此外，《几何原本》也被抢走了。被带到蒙古的希塔拉开始思考对蒙古的复仇。
Rick（瑞克）和Morty（莫蒂）讲述了地球C-137S1-06之后转移到的时空（可在S2-02Jerry寄托所中Rick填的表格中看到）之前的时空由于Rick的药水使除了Morty一家的人类都变成了柯南伯格式的怪物）的Rick和Morty的冒险故事，但有时也 有Rick和Summer，Morty和Jerry这样的冒险组合。剧情设计和制作手法都极为出彩。
