故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
在遥不可及的远古年代里，人类与神曾经共存于同一片大地，分享一样的天空世世代代，千百年来当每一个人都对神敬畏膜拜。当每一个人都认为受神劳役是理所当然的事，他选择了一条不一样的路他，要以凡人的身份向众神挑战...
新エネルギー資源の発見によって造られたメガフロート都市・ベイロンシティ。 そこで小さな会社を営む青年・シュウ。 彼は日頃の金遣いの荒さからひもじい生活を送っていた。 そんなシュウを心配し、彼の事務所兼自宅に通う一人の少女・キサラ。 彼女はベイロンシティ内の高校に通いながら、仕事の事務作業から家事まで面倒を見る。 そしてもう一人、シュウが以前に所属していた会社の先輩であり、 元恋人でもあるアヤノも彼のことを気にかけていた。 太平洋に浮かぶ人工島で巻き起こる
位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!
