全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年千空苏醒了。 从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！，在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界。
本作是赛尔号动画系列TV动画10周年纪念作。 在寻找宇宙之眼的时候意外被吸入到了神秘的宇宙裂缝之中，在赛尔号生死存亡的关键时刻，船长命令SPT小分队火速联系赫尔卡星的战神联盟，他们才是拯救赛尔号的唯一希望。全新角色剧情扑朔迷离，宇宙最残酷的终极PK就要来临……
