动画的故事舞台设定在现代的涩谷之中。主角织田龙平在小学时目击过憧憬的哥哥的神秘死亡现场。现在是高中生的他，早已摆脱了当时的恶梦。和平常一样练着拳击的某天晚上，他被奇怪的生物咬了一口，坠入了一个和平常不同的梦。
女高中生蜗居漫画咖啡厅！ 生活在秋田的高中生森田芽衣子，有一天被选中为贵族学校"天宫女学院"的特例转学生！ 怀揣着对憧憬的东京学生生活的期待与不安，芽衣子踏上了上京之路—— 然而等待着芽衣子的，竟然是名为"刺猬"的漫画咖啡厅！ 她将在这间兼具学生宿舍功能的漫画咖啡厅里，与个性丰富的室友们一同，以"奉献活动"的名义工作！？ 就这样，芽衣子那略带奇妙的蜗居漫画咖啡厅生活，拉开了序幕！
醒来后，主角「亚克」发现自己竟然以游戏角色的姿态，被丢进了异世界——全身穿着铠甲，里面却是一副骷髅骨架的“骸骨骑士”。 ——身份一旦暴露，恐怕会被当成怪物，成为讨伐对象！？ 亚克决定低调行事，以佣兵的身份活下去。然而，他绝不是那种对眼前的恶行视而不见的男人！ 在旅途中相遇的精灵战士阿丽亚娜、兽人族的忍者千夜目，以及精灵兽碰太，今天也继续着他们的旅程。 凭借一刀两断的痛快与爽快战斗而广受好评的超人气TV动画，万众期待的续集制作决定！ 骸骨骑士大人毫无自觉的“替天行道”异世界奇幻故事，在此再度登场！！
2008年——神秘势力的出现，
动漫、游戏、漫画、音乐、铁路、cosplay等所有御宅文化都被排除的日本。
周边被收容，宅男被以保护的名义镇压，
人们仿佛失去了自我，毫无疑问。
被负责维持秩序的组织“SSC”蹂躏，宅男以为已经灭亡了——
但是，夺回被封锁的秋叶原后，出现了揭竿而起的人。
年轻的革命者“御宅英雄”——比什么都热爱御宅文化，比谁都热爱秋叶的男人。
还有仰慕他的3个魔法少女——“无政府”、“蓝”、“粉”。
以2011年的日本为舞台，聚集在自由之旗下的宅男们——
秋叶革命军，挑战SSC首领“SHOBON”的壮烈的战斗。
为了这个可以破坏混沌和秩序，尽情地喜欢自己喜欢的东西的世界。
聚集在自由旗帜下的宅男们啊。
夺回被剥夺的文化
掀起OTAKU COUNTER CULTURE !
あるきっかけで、過去の記憶をなくしてしまった貴明。そんな彼を心配しつつも、これを好機と捉えるヒロインたちが、貴明に都合のいい過去を吹き込みます。果たして貴明は記憶を取り戻せるのか、そして記憶を失ってしまった理由とは… 大晦日の夜。二年参りに向かう由真。愛佳と一緒に行くは ずだったのが、いつのまにか貴明たちと合流してしまう。おみくじで大吉を引いた由真は気をよくして、いつものように貴明に対決を挑むことになる。しかし、対決勝負の後に、由真と貴明に予期せぬ二人だけの時間が訪れる…貴明と静かな時間を共有した由真は、果たして、自分の隠された気持に正直になれるのか…
原不良少女虎视虎子为了掩饰自己曾经是不良，在高中保持着品行端正的形象。这天她出门看到一个长鹿角的女生挂在电线上，救了她之后没想到她就是转校生！还疯狂暴露虎视虎子的秘密！女孩子们的搞笑校园日常来了——
公元2011年，美国佛罗里达州。空条徐伦在与恋人开车兜风时遭遇交通事故，之后因被人陷害而获刑长达15年之久。 她被关押在州立绿海豚街重警备监狱——别名“水族馆”。被逼到绝望边缘的徐伦，却通过父亲托付给她的吊坠而觉醒了体内不可思议的力量。 “这个世界上存在着比死亡更可怕的事情 而且这件事情将必定在这家监狱发生。” 这是出现在徐伦面前的神秘少年所留下的讯息。难以理解的事件接连发生。前来探监的父亲空条承太郎口中讲述的恐怖事实，以及一个叫做“DIO”的名字……
故事背景设定在美国，生活在贫民区的Angelino与伙伴Vinz，展开了抵抗外星人的冒险故事。
