水门都市普利斯特拉一战中，昴一行艰难取得了胜利，但代价却过于沉重。由于"暴食"的权能，蕾姆陷入沉睡，库珥修失去了记忆，而尤里乌斯则被夺走了名字。 在寻找拯救他们的线索的过程中，昴得知了那位据说能看透一切、拥有所有知识的"贤者"夏乌拉的存在。 下一个目的地便是贤者居住的"昴宿星团观测塔"——那是矗立在就连最强的"剑圣"莱因哈特都未能征服的大沙漠"奥古利亚沙丘"深处的、位于世界尽头的巨塔。 肆虐的自然灾害、未知的魔兽，以及超乎想象的威胁，重重险阻横亘在前。为了与同伴一起，夺回失去的一切，少年赌上性命的旅程就此拉开序幕——
东京都高度育成高等学校，以升学率和就业率100%而自豪， 每个月都有相当于10万日元的积分的梦幻般的学校。 但实际上，这是一所实力至上主义的学校，只有一部分成绩优秀的学生才能受到优厚的待遇。 绫小路等人在1年级第3学期升格到C班， 第一学年最终特别考试的结果，惜败A班，再次降级到D班。 2年级从D班重新开始。 春假过后，绫小路与轻井泽成为恋人关系。 堀北与憧憬优秀哥哥·学的自己诀别。 在人际关系逐渐变化的过程中，大家升入2年级。 绫小路等新2年级生最初的特别考试， 与新生搭档进行笔试。 但是，新生中混入了月城所安排的来自白色房间的刺客——。 跨越学年的新关系带来的是暴风雨还是风平浪静？ 第2年的学校生活现在拉开了帷幕。
中学理科老师矢的猛（长谷川初范 饰）是一名心中充满了正义感和责任感的有志之士，对于曾经四处作恶搅得人心惶惶的怪兽，矢的猛深信其实是来自于人类的负能量造就了它们，因此，作为一名老师，矢的猛一直都致力于教导学生们什么是正义，什么是邪恶。 可是，矢的猛的一己之力实在微薄，怪兽克莱圣特重现人间，给地球带来了重大危机，UGM得知此事，派出了爱迪奥特曼来到地球惩奸除恶。在大山一树（中山仁 饰）和伊藤顺吉（大门正明 饰）的邀请之下，矢的猛加入了他们的队伍，展开了和克莱圣特的殊死搏斗。面对格外强大的敌人，矢的猛是否能够凭借自己的智慧和勇气，获得最终的胜利，保卫地球的和平呢？
塔罗、蒸汽朋克、超能力……周明瑞自异世界而来，加入了这个以疯狂与恐怖为底色的世界，成为了“克莱恩”。
