东方桃子是一名平凡而普通的小女生。一天放学后，她无意中获得一本神奇的花语星卡笔记，通过这本笔记,桃子发现了世间存在一种诞生于自然界的精灵。这些精灵呈兽形或者人形，拥有强大的自然力量，不加以控制会给我们的生活制造出很多麻烦。但是有一种人，能够与精灵沟通，并使用星卡收服精灵，控制和使用它们的力量，我们称之为星卡师。为了解决黑化精灵们造成的麻烦，东方桃子通过努力学会净化精灵的力量，成为了星卡师的一员。并得知自己身负花语公主血脉力量，拥有净化黑化精灵，拯救精灵的重要使命！在收服和了解精灵的过程中，她还收获了两个伙伴——欧阳雪和严诺一，她们一起面对危险与磨难，学会了勇敢、坚守、宽容和爱，成长为自信而美丽的星卡师，守护着大家。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
2000年。在长野山中的九郎岳，正在进行某座神秘遗迹的挖掘工作，遗迹内的一具棺木中藏有一个佩戴石化腰带的古尸。 孰不知当调查团将棺木开启时，亦因此唤醒了它的死敌『古郎基』。调查团立即遭到未确认生命体的袭击而全数死亡。而在为了查出调查团被杀案件的线索，正在遗迹现场调查中的长野县刑警一条薰面前，有一名青年突然擅自闯入。这名被一条拦下的青年，他自称为冒险家五代雄介。 终于复活的未确认生命体在长野近郊出现，并开始对人们恣意袭击，甚至一路冲进警局。在场的雄介感应到从遗迹出土，由警方保管的腰带状遗物所传来的战士形象，在冒险家的直觉下将之着装于腰部。雄介的身体也随之覆上一层装甲，变身后的雄介与袭击警局的未确认生命体经过一场苦战后终于将其击倒。 随着未确认生命体不断出现于大城市东京， 五代雄介下定决心为了让周遭的人们免于恐惧，守护他们的笑容而战…… 新一代假面骑士『空我』诞生！
