最强2人，回不去的青春。2017年12月，乙骨忧太解除了祈本里香的诅咒。追溯到2006年（春天），高专时代的五条悟与夏油杰。作为咒术师活跃着，所向披靡的2人，接受来自咒术界拥有不死术式的要·天元的委托。委托有两个，天元的的适合者——被选中成为“星浆体”的天内理子，对那个少女的“护卫”和“抹去”两人为了维持咒术界而进行护卫任务，在那里自称伏黑的“术师杀手”以暗杀“星浆体”为目标介入。在之后被称为最强的咒术师和最恶的咒术师，五条与夏油，两人的过去被揭开…
在某个时间点的日本，突然出现了文学书全部被染黑的怪异现象。 这是由书中带着负面情绪诞生的“侵蚀者”所导致的灾难。 被侵蚀的文学书，会逐渐地从人们记忆中消失，最后变得像是从一开始便不曾存在过一样。 于是，有特殊能力的“炼金术师”作为特务司书被派遣至图书馆， 为了对抗破坏书 中世界的“侵蚀者”、为了守护文学，与转世的文豪们一起战斗。
万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒毒在身，活不过二十岁，结亲不过是为了牧家和秦家的利益。但牧林辰的劝说下，牧云以炼丹为条件，答应了这门亲事。炼出了淬骨丹，牧云的修为有了第一次提升。莫问时常来找牧云请教，而秦时雨一直想请莫问来治疗孙女秦梦瑶。莫问暗示让牧云一试，牧云阴差阳错下唤醒了体内的诛仙图，得知秦梦瑶体内的并非寒毒，而是冰凰神魄。牧云治好了秦梦瑶，冰凰神魄的力量使得秦梦瑶修为突飞猛进。在见识到了牧云的能力后，秦梦瑶对牧云充满了好奇和兴趣，于是成为了北云学院的导师，和牧云教导同一个班级。而追求秦梦瑶不成的东方玉，嫉妒仇恨之心燃起，誓与牧云势不两立。 牧云借着诛仙图突破修为，去北云山脉历练，妙仙语执意同行，途中牧云以一人之力猎杀十几头紫毛猎狼，让妙仙语十分震惊。而被人指派暗杀幕运动柳山四煞一路尾随，趁牧云脱力之机会，纷纷现身准备对牧云下手。
在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再次现身，这次他来到了大奥的内庭。先前事件过后，这里正经历一场动荡。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）接替歌山成为新任总管，并开始推行一种严谨而平衡的领导方式。这种高压政策逐渐加剧了她与曾受天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系日益紧张，两人之间的裂痕日益加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将选定监护人，一场突如其来的事件却彻底颠覆了富贵的命运。她产下了一个被视为“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）视为威胁，从而成为一场权谋阴谋的目标。在男权体制编织的权力之网中，利益冲突与掩盖真相的手段迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连发生，人们无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪作祟，展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘而不断变化的群体性威胁。这个物怪的真实身份，正是火鼠（日根住配音）之子。他们不仅攻击人类，还似乎在寻找自己的母亲，然而，这位“母亲”始终不肯现身。火鼠为何专门针对那些伤害新生儿之人？又是什么样的悲剧，让她悲痛至极、自焚不止？卖药郎深入大奥之中，揭开层层黑暗，追寻斩除物怪所需的三大要素：“形”、“真”与“理”，誓要揭示真相，平息灾祸。
藤井夏生（八代拓 配音）幼年时失去了母亲，因此对年长的女性充满了憧憬。一次偶然中，夏生在学校的楼顶遇见了英语老师橘阳菜（日笠阳子 配音），阳菜温柔的身影深深的将夏生吸引，令他不自觉的坠入了爱河。然而夏生知道，自己和老师是不可能有结果的，于是，他将郁闷发泄到了联谊活动之中。 在联谊会上，夏生邂逅了名为瑠衣（内田真礼 配音）的女孩，那一天，瑠衣将自己的第一次献给了夏生。之后，夏生的父亲告诉他自己即将再婚，而女方要带她的两个女儿住进夏生的家中。让夏生没有想到的是，这两个姑娘竟然正是阳菜和瑠衣。
克隆人士兵锤头发生了严重的神经紊乱，并造成了一名绝地大师的死亡。为了找出他的行事动机，安纳金护送锤头回到卡米诺星球进行检查。
经历过千辛万苦，千秋真一（关智一 配音）和野田惠（川澄绫子 配音）终于一个摆脱了恐机症，一个通过了入学考试，二人携手来到了古典音乐的圣地——欧洲。来到欧洲的野田妹对一切感到新鲜，新的环境，新的公寓，而最让野田妹感到开心的事是，终于可以和她最爱的千秋在一起了！可一切却没有野田妹想象的那般好，千秋在国际指挥比赛中大放光彩，得到了各大权威媒体的注意；而野田妹这边，有许多问题需要克服，不通的语言，新学校各类高手，还有千秋的不在身边……这些让野田妹在异国他乡感到孤独和寂寞，而更大的危机是，有天才女钢琴家也喜欢上的千秋，受挫的野田妹在钢琴上也遇到了瓶颈。 本片改编自漫画家二之宫知子的同名漫画，是动画系列的第二弹。
