因经历过核冬天，在这里人类不再是世界的主宰，物种变异、生存资源稀缺，面对无法预测的未来和环境，危机迭出。人类为了保护自己建造了一座座壁垒，但也有很多人没有进入壁垒生活，在荒野打猎为生。主人公任小粟和弟弟颜六元就是其中之一。并无血缘关系但却相依为命的兄弟二人凭借着他们顽强的意志力不断成长，并在偶然的机会下觉醒了超能力。任小粟为生计和保护家人，离开自己生活的集镇前往境山，一路遭遇狼群、人面虫、变异生物的袭击，觉醒超能力，任小粟能否在危机中逃生...
家里开蛋糕店的凛太郎，因为高大的体型与凶狠的外表，从他小时候周围的人都对他抱有严重的偏见。某天，帮忙顾店的凛太郎与现场唯一的客人•薰子相遇了。娇小的她面前却有许多盘吃完的蛋糕，薰子一看见他就立刻逃离店里，凛太郎以为是因为自己的外表又吓到别人，不禁感到失落又自责。隔天放学后，他在自己的学校校门口看见薰子在等人……？相邻彼此、校风迥异的两间高中•千鸟与桔梗，分别就读于这两间学校的凛太郎与薰子，交织出酸甜又多彩的青春物语。
与莉可、罗伊以及帕底亚地区的三只最初的宝可梦们一起踏上激动人心的宝可梦世界冒险之旅吧！
