作为侯爵家的四子诞生的少年范恩自幼便被称为神童，备受期待。8岁时，他获得了被认为是毫无用处的「生产系魔术」。因此，他被父亲认为不配作为贵族，并遭到家族流放。因此，范恩被父亲认为不适合作为贵族，并被贴上失格的标签，随后被逐出家门。之后，范恩成为了一个无名边境村的领主，然而这个看似没用的生产系魔术，其实只要有材料就能生产任何东西，潜力惊人。在范恩的带领下，原本贫瘠的小村庄逐渐吸引各方人士，最终发展成为一座巨大的都市。
该片讲述秋季之后的故事，从原作漫画第7集的剧情接续下去。除了小野寺小咲的妹妹小野寺春、小野寺春的好友小风和从美国飞来的宝拉·马可伊之外，其他还有千棘的母亲桐崎华等个性鲜明的新人物也将陆续登场。
如月雨露想要交女朋友，为此他装出迟钝且纯情的形象以求自己追寻的对象能喜欢上自己，但他的计划却宣告失败，而唯一对雨露有兴趣的反而是他最讨厌的对象三色院堇子。
家里由于一场火灾，再加上不负责任的爸爸，使得年仅12岁的南云孝士在一夜之间就变得无家可归、身无分文且无依无靠。饿倒在路边的他，由于一场因缘际会而当上宿舍管理员，然而这间宿舍的房客竟都是女子大学的学生！而且这间宿舍的房客，全都是些异于常人，而且别有隐情的大姐姐！少年宿舍管 理员有点色色的奋斗记，就此开幕。
千早瑠依（古川慎 配音）和千原狮音（山本和臣 配音）是一对好朋友，两人常常结伴去搭讪女孩，因为他们英俊的外貌，搭讪行动大概率会以成功收场，这令两个男孩感到非常的骄傲。一天，狮音和往常一样，在海滩上释放他的费洛蒙，哪知道一个神秘的女人一直在暗处偷偷的盯着他。 神秘女人给狮音下了药，令狮音成为了女孩子。狮音绝望的得知，他必须吸收男子的精华，才能够重新恢复男儿身，可如果恢复男儿身的他损失了一定数量的精华后，他将再度变回女孩。很快，瑠依就知道了狮音的秘密，哪知道，这个离谱的男人竟然对变成了女儿身的好友垂涎欲滴。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
