有着人类少女的样貌，却不同于人类的存在――精灵。她们拥有强大的能力，从邻界现身时，因为会伴随名为『空间震』的灾难，她们甚至被称为人类的天敌。面对精灵的威胁，人类能采取的手段，是以武力歼灭，或是――『与精灵约会，使其娇羞』！五河士道能通过让精灵娇羞并亲吻精灵来封印她们的灵力。靠着这个特异能力持续拯救人类及精灵们的士道身边，有股巨大波涛即将袭击而来。身为世界屈指可数的巨大企业且想获得精灵力量的DEM社，为了夺取士道的性命，将大举来袭。于是，士道记忆深处里的神秘少女现出原形――各种想法错综复杂，史上最大的战争即将开始。
延续前一集的剧情，狮子亚历克斯（本·斯蒂勒 Ben Stiller 配音）、斑马马蒂（克里斯·洛克 Chris Rock 配音）、长颈鹿迈尔曼（大卫·休默 David Schwimmer 配音）、河马格洛里亚（贾达·萍克·史密斯 Jada Pinkett Smith 配音）以及企鹅们，为了能离开马达加斯加岛回到五光十色的纽约，对一架破旧的失事飞机进行维修改造，并成功起飞。当大家已经开始庆祝终于可以回到纽约时，飞机却意外降落，迫降到了非洲大草原上。在这儿，狮子亚历克斯终于见到了它的父母。但是由于生活习性上太多不一样，而且言行举止各异，使得这群纽约来的动物们显得格格不入。这群昔日纽约中央公园的动物明星们，在这野外艰难的环境中应该怎么办？虽然在这儿遇见了自己的同类，但因为习性不同，使得自己无法完全融入他们的群体。为了能融入环境，与同类们建立良好的关系，大家都是施展各种招式，笑料百出。
