原作漫画于2018年开始进行连载，故事讲述在视频投稿网站拥有人气与知名度，被称为「吉他英雄」的后藤ひとり，是一名只对吉他敞开心房的孤独少女。她在某日与寻找吉他手的伊地知虹夏相遇，并加入她们的乐团「结束バンド」，因而走向新的世界。
高中生齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！
1989年，日本。 乔纳森·乔斯达与DIO决战后的一百年，DIO复活了。同时，乔瑟夫的孙子，空条承太郎发现自己有幽波纹（替身）能力，DIO的复活影响了没有替身抵抗能力的母亲，陷入病危情况；为了拯救命在旦夕的母亲，承太郎与乔瑟夫出发前往DIO的所在地——埃及。
大战后，秩序未能恢复，世界陷入混乱。混沌从深渊崛起，黑暗如潮水般吞噬大地……缔默完成了命运的蜕变——她不再是被守护的少女，而是手持万灵缔杖的“万灵神女”，以温柔而坚定的力量守护人间与仙境。水帝亦执掌水汐神剑与她并肩而立。二人为寻得封印混沌之法，远赴永恒之城罗马，混沌却已将失去仙力的冰帝和颜狐拖入深渊……千钧一发之际，神秘的塔罗使者出现……另一边，船王因放弃新生而滞留渡灵界，反噬渐重。渡公主为救船王，引诱灵帝坠入渡魂界，偶遇在寒冰牢笼中的仙子，意外在生死冒险中逐步探明混沌的致命弱点……众人能否合力封印混沌，黑暗能否被彻底驱散？爱与信念，能否书写新的神话？
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
