元朝末年，天灾不断，乱世动荡，汉人饱受异族压迫，天下苍生苦盼明主。上古神器天翔五灵突然现世，江湖传言 “得五灵者，得天下”。一时间，明教、白莲教等武林势力纷纷出动，争夺至宝。大元朝廷为稳固江山，派出精锐铁骑十三翼，一面残酷镇压反元义军，一面全力追查五灵下落。就在这风雨飘摇的乱世之中，一代新天子悄然崛起，一场席卷天下、改写王朝命运的夺鼎争霸，就此拉开序幕。
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
小学时期，游泳部的四名成员在毕业前的游泳比赛中夺冠，之后他们毕业的毕业，出国的出国，四人分道扬镳。时过境迁，就读岩鸢高中的七濑遥（岛崎信长 配音）和好朋友橘真琴（铃木达央 配音）升上高二，他们与昔日的游泳部成员之一叶月渚（代永翼 配音）重逢。三人回忆起小学时光，约定到曾经的游泳馆去。在废弃的游泳馆里，他们居然遇到了归国的松冈凛（宫野真守 配音）。意料之外的是，昔日战友凛性情大变，还对遥发起挑战，结果遥输给了他。 遥、真琴和渚决定成立游泳部，经过多番努力后，终于招募到了新成员龙崎怜（平川大辅 配音），他们以县大赛冠军为目标，进行紧张的集训。另一方面，凛所在的鲛柄学院游泳部也在为大赛作准备。他们约定，要在赛场上决一高下。充满激情和活力的游泳部，在这个夏天，开始了关于友情与青春的Free!故事。
对于自己出生24年以来没有女友的人生感到不安的フグ野マスオ在向占卜师询问是否能拥有恋人的时候、得到的答案却是[一生无法恋爱或者结婚]。为此所受到的打击在一场相亲中为对象潮崎渚的一见钟情所打破。强行将渚带出去的渚的友人同时也是是マスオ的同事的磯辺波子的指导下互相接近，マスオ也在为了成为渚的恋人而奋斗但是……
玉皇大帝就把谁都不愿意干的、整理天庭档案的工作交给了他们。几位成员没想到，天宫里所记录的档案是 “体验式”的，每一个管理员可以介入该档案所记录的事件回忆中进行体验。 于是，夺宝旅行团的一行人由此开始了一场场改写档案的新奇历险。
思春期症候群——这是一种只发生在易敏感和不稳定的青春期的、不可思议的现象。 例如，在梓川咲太面前出现的野生兔女郎。 她的真实身份是高中高年级学生，明星活动休止的女演员樱岛麻衣。她迷人的身姿，不知为何在周围的人眼里看不出来。 咲太决定解开这一谜题。在于麻衣一起度过的时间里，咲太知道了她秘密的想法…… 女主人公们一个接一个地出现于咲太的周围，她们都有着“青春期症候群”。在天空和大海都很闪耀的小镇上，开始了令人激动的故事。
