在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
在新的第一季中，故事将围绕着超级宠物展开。每个超级飞侠都有他专属的超级宠物！每时每刻，他们都在一起执行任务，共对困难。除此之外，本季还有两位新的超级飞侠加入，他们就是超级汽车雷克，还有乐观爱唱跳的佩佩。还有一个前所未有的淘气鬼——金小子！ 他将给超级飞侠带来极大挑战，因为他老是想证明自己是比超级飞侠更棒的飞机。他们的加入，将为故事带来更多新奇、有趣的元素，让我们一起来看吧！
故事以江户时代后期为舞台，最强死刑犯忍者「画眉丸」为了能再次与最爱的妻子见面，与处刑人「山田浅右卫门佐切」一同前往被称为极乐净土的小岛，找寻「不老不死的仙药」以换取无罪释放，并在岛上与神秘的怪物以及其他死刑犯互相残杀。
高二的不良少年佐佐木与高一的腐男子宫野，坚决不走BL路线的男子高校日常生活（Boys Life），因为一起校内的纠纷促使两人结缘，之后两人的关系变得越发微妙......
在枪与钢铁的世界“Gun Gale Online”享受着单人游戏的女性玩家·莲。喜欢可爱事物的她，全身清一色的粉红色装备，不断累积游戏经验，并逐渐增强实力。之后，由于某件事而对于PK（玩家狩猎）觉醒了兴趣的莲沉迷于PK中，并终于到达被人称作“粉红恶魔”的地步。 这样的莲，与神秘的美女玩家·Pitohui相遇，并和她意气相投。莲按照她所说的，参加了小队作战活动“特攻强袭”。
