举办开国祭并与各国缔结邦交的魔国联邦，开始朝着实现人类与魔物能够共同生活的世界「人魔共荣圈」迈进。跨越种族之间的隔阂，携手走向繁荣的魔国联邦。然而，在这背后，也有人将魔王利姆路的崛起视为危险。其中包括西尔特罗斯王国五大老之首的前「勇者」格兰贝尔・罗素，以及他的孙女玛玛莉安贝尔・罗素。高举以支配来守护人类主张的格兰贝尔与玛莉安贝尔策动谋略，并与利姆路正面冲突。另一方面，在黄金乡艾尔多拉德，魔王雷昂也为了某个目的开始行动。 身为人类守护者的勇者，与支配世界的魔王。在各种盘算交错之中，一名「勇者」正准备苏醒—— 怀抱着无法退让的意念，利姆路的下一场战斗即将展开。
边见瑞纪（下田麻美 配音）的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周（土田大 配音）。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘（金田朋子 配音）从中掉了出来。蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收留了她。但一名古籍师告诉砚周，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。 不听劝告的砚周决定将蜘蛛娘送回到她的母亲所在的地方，那是一幢阴森的古宅，里面有一只巨大的蜘蛛正匍匐在黑暗中等待着它的猎物。
今年，大学新鲜人泽木惣右卫门直保（坂口大助 配音）进入农业大学农学部，开始了全新的大学生活。其貌不扬的直保有一个天大的秘密，他能够看见存在于空气中的“菌”，甚至能够徒手抓住菌以及与其对话，这样的超能力对于农业专业的直保来说，无疑是如虎添翼，但是，麻烦也随之而来。 作为直保的亲梅竹马，直保的秘密无疑为家中经营酿酒行业的结城萤（斋贺观月 配音）创造了不少的便利。同时，外表意外老成的学长美里熏（小西克幸）和各方面都圆滚滚的川滨拓马（杉山纪彰 配音）都对直保产生了浓厚的兴趣。在崭新的校园里，直保和各式各样的菌在一起的生活就这样开始了。
阴阳师首部同人漫画《百鬼幼儿园》动画化制作决定！ ↓↓↓ 《百鬼幼儿园》由FACEBOOK超人气画师-Mïïn敏的同人漫画改编，以Q萌画风描绘百鬼幼儿园里发生的种种趣事o(〃'▽'〃)o~ 动画化之后的幼年崽崽们，想必又要萌倒一片阿爸阿妈了！
