身怀两大道体，却因无灵根启发灵体的东方少鸿，被同族耻笑，甚至被未婚妻背叛。困难接踵而至，东方少鸿之父因掌握进入苍玉仙府的秘密而身陷囹圄，被仙盟所困。在宗族危难之际，东方少鸿意外用自己的血激发了体内的仙源道石，击退仙盟，挽救宗族于危机之间。举步维艰之际，东方少鸿幸得其父的好友季胤真人相救，拜入缥缈宗得以庇护。缥缈宗上，太阴山涧，东方少鸿拼力修炼的同时，却因身怀冥族暗夜道体被视为人族异类，不断遭受同门挑衅。东方少鸿意识到，只有自己足够强大，才能救得父亲脱困，为自己正名，戳穿仙盟的阴谋。
东京都高度育成高中，是以升学率、就业率100%为荣，每月支付相当于10万日元金钱的梦想学校。但是，其内在是只有一部分成绩优秀者才能得到好待遇的实力至上主义学校。 迎来第3学期，从D班晋升为C班的绫小路等人前往林间学校。在那里实施的是被称为“混合集训”的全年级联合进行的特别考试。就像它的名字一样，按男女分开，必须结成由多个班级人员混合的小组，以该小组为单位进行评分的考试。 如果不与一直以来作为敌人而竞争的其他班级的学生们合作，就无法获得高分，而且最重要的是，在没有达到分数线的小组中将有人退学。 动荡的第3学期即将拉开帷幕！
本作是为了纪念在1996年起开始的《游戏王》系列漫画连载二十周年所推出的动画电影。在跨越无数的试练后，武藤游戏与身体内的另一人格“暗游戏”进行最终决战并获胜，在作出正式诀别后踏上各自的旅途。在经历一段时间后，游戏等人重新回归平凡的生活。然而，一名自称蓝神的神秘少年却出现在他们的眼前。另一方面，将暗游戏视为劲敌的海马濑人，在暗游戏消失的地方发掘“千年积木”并打算将其重新完成，试图再度复活暗游戏。
十三岁的天野草莓（悠木碧 配音）是一个单纯善良活泼可爱的少女，草莓对于蛋糕有着无尽的喜爱，因为蛋糕是能够给他人带来幸福的美味。可是，草莓的心中甚至自己的笨拙与无能，因此，在追逐梦想的道路上，她显得如此怯懦。一次偶然中，草莓在蛋糕展览会上遇见了安立老师，老师发现了草莓在制作蛋糕方面所拥有的惊人天赋，鼓励草莓前往久负盛名的专业糕点学校“圣玛丽学园”深造。经过深思熟虑，草莓决定勇敢的接受老师的建议，就这样，她在职业蛋糕师的道路上迈出了第一步。在学校中，有着许许多多和草莓一样对蛋糕怀抱着巨大热情的孩子们，在这里，草莓能够战胜劲敌，脱颖而出吗？
