年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。 几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。
十三世纪，幼小的奴隶希塔拉在伊朗东部城市图斯被奴隶商委托给一个学者辈出的家族进行教育。希塔拉起初试图逃跑，但她被教导了知识的重要性，希塔拉在这里被女主人法蒂玛视为女儿般的宠爱，并学习了欧几里得的《几何原本》等诸多知识。家族的继承人穆罕默德为了研究学问而前往内沙布尔后 8 年，图斯遭到蒙古人的袭击。希塔拉被拖雷的军队俘虏，法蒂玛为了保护希塔拉而被杀害。此外，《几何原本》也被抢走了。被带到蒙古的希塔拉开始思考对蒙古的复仇。
故事发生于东京，在全球最大体育盛事WSG即将召开之际，知名企业的高官却接连在赞助商酒会现场遭到绑架，而自新名古屋站至东京的最高时速1000km的真空超导磁悬浮列车也被卷入其中，一场牵动国际目光的重大案件就此展开。
这是一个由人们的信赖造就英雄的世界，而获得最多信赖的英雄被誉为一一 X 。在这个世界里，人们的信赖是可以被数据统计出来的，并且这些数值会反映在每个人的手腕上。只要获得足够多的信赖值，普通人也能拥有超能力，成为拯救世界的超级英雄。然而，持续变化的信赖值让英雄之路充满未知．...
