由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机，志郎舍命相救，被机关所伤而奄奄一息，为了救他一命，1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
人类最大的危机，大崩坏十年后的世界。 舞台是象征复兴的巨大学园都市アカデミア。 虽然学生的生活非常快乐，可是却无法改变，也不能改变自己。 一个空虚的度过每一天的女子高中生「白鸟空（しらとりくう）」。 她不时会梦见相同的“梦”。 来迎接自己的王子的“梦”…… 学园中的学生们都满腔热情地期待着学园祭。 在她的面前，“梦”见了好几次的王子出现了。 这次不是梦，而是现实。 自称是「绫小路（あやのこうじ）京四郎」的他在天空中说着和梦里相同的话。 「一起…走吧」 两人的相遇到底有什么样的意义？ 「神无月的巫女」「圆盘皇女」的原作者创作的新故事！ 豪华场面学园浪漫巨篇！！
幼时曾深陷绝望深渊的直枝理树，与4位少年少女相遇了。 在那之后数年，理树作为Little Busters的一员，喧闹地过着快乐的每一天。 这样的时间能够一直持续就好了。理树所期望的只有这样。 某日，恭介突然表示要成立一支棒球队伍， 理树则开始了寻找成员的任务。 在这样的过程中，理树邂逅了新的成员们。 和大家一起参加试胆大会，潜入女生宿舍时被换上女装，一起演人偶剧……。 经历了许多快乐的事情， 同时也在大家的帮助下解决了各自拥有的烦恼。 最后在棒球比赛中，理树确认了和最好的朋友们之间的牵绊。 ——然而，这并不是结束。 和来谷唯湖之间的故事。 理树与铃的故事。 以及，理树和铃终于知晓的“世界的秘密”。 Little Busters真正的物语，自此开始——。
