由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机，志郎舍命相救，被机关所伤而奄奄一息，为了救他一命，1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
在新季节里，三云队为了晋级A级以及选拔远征部队而参加B级等级战的时候，受到了近界最大军事国家阿富特克拉德命令的附属国加罗普拉出现，急袭本部。 从被绝密召集的边界精锐部队的迎击战中拉开帷幕。 从率领着大量特立恩兵的加罗普拉的进攻中，边境能守护本部吗！？ 随着动画的发展，动画世界也越来越热闹。
新エネルギー資源の発見によって造られたメガフロート都市・ベイロンシティ。 そこで小さな会社を営む青年・シュウ。 彼は日頃の金遣いの荒さからひもじい生活を送っていた。 そんなシュウを心配し、彼の事務所兼自宅に通う一人の少女・キサラ。 彼女はベイロンシティ内の高校に通いながら、仕事の事務作業から家事まで面倒を見る。 そしてもう一人、シュウが以前に所属していた会社の先輩であり、 元恋人でもあるアヤノも彼のことを気にかけていた。 太平洋に浮かぶ人工島で巻き起こる
拥有多个灵魂的人，便可获得分解之力，感受到这个世界的实质，理解、掌握并且改变规则，为所欲为，连整个世界都被他们分解重组。面目全非的地球上，分解者站于食物链的顶端。“他”本该是其中之一，却选择了对抗，以最强分解者为目标，试图让世界回归原状，只为有机会能与所爱之人再次相拥。 上一季结尾，崛起者哈登、老K等人齐心协力击退了统治赫墨拉塔城的白昼女王。身体被分解的凯伦与TuP的克里曼均被情报贩子尼克带走，第一空间只留下艾琳和赫墨拉的女儿艾咪两人相依为命……而在第二空间，众多势力云集，那里又将掀起一场新的血雨腥风。
在东京晴空塔底下，世界一流的武术爱好者德川光成设置了一个研究实验室，进行禁忌实验。 实验使用最先进的科学技术，目标是用传奇剑豪宫本武藏的遗骸创造出克隆人，让他在现世复活。 这位强大战士早已赢得所有想像得到的称号与荣誉：究极武士、剑圣、天下无双。如今，他的重生恐怕将撼动现代日本，甚至全世界都会陷入混乱。 准备好见证超越历史的终极大战，刃牙、勇次郎、地下斗技场的高手们，以及所有为战斗而生的人都将卷入其中。
