由于两位假面骑士的活跃，邪恶组织·杰鲁修卡被消灭，但是首领又创建了新组织·毒蝎帮(又译“迪斯特龙”)。本乡猛的学弟·风见志郎偶然目击毒蝎帮的行动，而受到该邪恶组织的追杀，之后父母以及妹妹都被毒蝎帮的怪人所杀。志郎为了向毒蝎帮军复仇而要求1号和2号替他改造，但二人知道改造人的悲哀，而拒绝了他。后来1号和2号落入了毒蝎帮的陷阱而陷入危机，志郎舍命相救，被机关所伤而奄奄一息，为了救他一命，1号、2号不得不将他改造成改造人·假面骑士V3。
故事发生在一处温馨但偏僻的田园小镇奥木染，双亲过世的少年春日野悠（桥本隆 配音）带着体弱多病的妹妹春日野穹（田口宏子 配音）千里迢迢的来到了这里，准备寄宿在祖父留下的房子中。虽然照顾妹妹的起居很辛苦，但悠还是拥有了一段难得愉快的时光。在这里，悠遇见了幼年的玩伴天女目瑛（阪田佳代 配音），成熟温柔的姐姐依媛奈绪（猪口有佳 配音），认真可爱的大小姐渚一叶（小野凉子 配音）等热情亲切的朋友们，还有同班损友中里亮平（中国卓郎 配音）的插科打诨让他笑口常开。同时，一些模糊的回忆逐渐的浮上了心头，是和谁有过怎样的约定呢？面对着面前似曾相识的风景，悠的记忆开始苏醒。
大千世界，北灵境出，踏灵路，伐罗天，剑斩诛邪永定乾坤，万道争锋吾为主率! 天蚕土豆内容监制，爱奇艺全网独播。
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
在这个世界，万物意识皆由微观粒⼦构成，而岚海少年林野天生自带 “招魂” 体质，是“游魂圈”公认的 “人体快捷酒店”，整日被附身闯祸、狼狈奔逃。偶遇能收服“游魂”的异能少女陈果后，他踏入超自然组织华净学院，卷入与东瀛邪派 “九菊一派” 的百年纷争。 这期间，他连番遭受离间陷害、信任崩塌，直至界门将启，全城危亡之际，林野以凡人执念硬撼完美克隆体，拼死守住岚海。然而就在大战落幕英雄陨落之际，九菊一派的新阴谋已在昆仑深处悄然铺开……
