在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
活在自我世界中的乔西，遨游在自己感兴趣的绘画和书籍的海洋中。自幼便一直坐在轮椅上的她，某天在一个危险的斜坡上差点摔倒的时候，得到了大学生恒夫的帮助。专攻海洋生物学的恒夫，为了实现自己能够亲眼看一下只生活在墨西哥的梦幻鱼群的梦想，日夜不停地在进行着兼职打工。 和乔西相依为命的祖母千津看到这样的恒夫，向他介绍了一份兼职工作。这份工作的内容就是听从乔西的要求，并想办法满足她。然而，固执且不善与他人交流的乔西对恒夫非常刻薄，而恒夫也没有在意乔西是个残疾人，直率地回应她。 就这样逐渐地，双方的距离缩短，开始了解对方。在两人接触的过程中，乔西也下定决心，要与恒夫一起去看看自己梦寐以求的外面世界…… 影片改编自田边圣子小说《Jose与虎与鱼们》。
一度平静的斯沃罗夫小岛被弗林德·洛克伍德（比尔·哈德 Bill Hader 配音）的天才发明复食机所摧毁。最终他成功破坏复食机，并打算和山姆（安娜·法瑞丝 Anna Faris 配音）他们重建美好家园。这时候，弗林德最崇拜的偶像——丽芙公司老板切斯特 V（威尔·福特 Will Forte 配音）从天而降。切斯特是一个天才发明家，他的公司更是云集了全世界顶尖的科学家。切斯特邀请弗林德加入丽芙公司，并承诺带着岛民前往加利福尼亚，而他的公司将负责清理破败的小岛。为了成为幻想发明家，弗林德拼尽全力开展研发。与此同时，故乡却传来不好的消息。许多清理者被活着的食物所捕获，似乎复食机并未完全摧毁，并且朝着弗林德不曾预料的方向继续发展。 在切斯特的命令下，他和山姆、老爹以及其他伙伴们踏上了返乡的旅途，寻找解决麻烦的办法……
向水日菜子（川荣李奈 配音）是一位冲浪爱好者，对大海有着强烈的热情和真挚的喜爱，只有在风口浪尖处，她才能够感受到自己真正的在活着，可是别看日菜子在海上神气活现，在生活里，她其实是一个多思多虑的女孩，对未来感到深深的迷惘。 一场活在让日菜子结识了名为雏罂粟港（片寄凉太 配音）的消防员，勇敢正直的港很快就吸引了日菜子的注意，两人一拍即合走到了一起，开始了一段充满了幸福的恋情。可是好景不长，一场海难夺走了港的生命，日菜子无法接受竟然是自己挚爱的大海夺走了她最爱的人。某日，陷入消沉许久的日菜子哼起了两人在一起时经常会唱的那首歌，令她没有想到的是，港竟然出现在了自己的面前。
