1910年代，由大日本帝国陆军设立的学校——陆军栖凤中学。这是一个为获取可用于军事的超常力量而收集、研究超自然现象的特殊机构。栖凤中学三年级学生岩元胡堂奉军部指令，奔赴全国各地进行调查。然而他所到之处，总会出现拥有特殊能力的“能力者”……！等待着岩元的各种怪奇事件与“能力者”们。向这些“能力者”递出前往学园的“推荐信”的岩元，其真正的意图究竟是……？怪奇与超自然现象，以及“能力者”的存在——揭开他们时代帷幕的浪漫奇谭，就此开幕！
由于童年的悲惨遭遇，直枝理树（堀江由衣 配音）的个性变得十分孤僻。长着一张娃娃脸，沉默寡言，没有朋友，这样的理树成为了大家眼里的怪胎。某一日，性格傲娇爱猫如命的枣铃（民安智惠 配音），正直开朗稳重可靠的枣恭介（绿川光 配音），四肢发达头脑简单的井之原真人（神奈延年 配音），成熟勇敢剑术一流的宫泽谦吾（织田优成 配音）四人出现在了绝望的理树面前。他们自称“Little Busters”，想要利用理树的力量来完成拯救世界的重任。 就这样，理树成为了LB中的一份子，整日奔波解决一些说来宏大但其实十分平凡的委托。在相处的过程中，本来行为举止十分怪异的同伴们渐渐的变得可爱起来，理树也逐渐敞开了紧闭的心门，找回了久违的快乐。他开始明白，只要有一颗开朗向上的心，这样的生活一定能够继续下去直到永远。
为了继承父亲帝野熊五郎（小山力也 配音）的遗嘱，高中生帝野将悟（樱井孝宏 配音）进入了贵族学校深流院学园学习如何成为一个合格社长，不仅如此，在接下来的两年中，将悟还必须在学园中找到可以托付一生的结婚伴侣。这可难倒了个性普通的将悟，不过，世上无难事，将悟愉快的高中生活就要开始了。 在生日的当天，将悟接到了一个自称是“妹妹”的女孩打来的电话，然而这位妹妹究竟是谁，将悟毫无头绪。在学园中，将悟结识了许多可爱的女孩子，有学级委员鹤真心乃枝（石原夏织 配音），沉默害羞的神凪雅（佐仓绫音 配音），高智商少女嵯峨良芽衣（日高里菜 配音）等人，而将悟感觉到，那个神秘的妹妹，就藏在这些花朵般柔软的女孩子们之中。
这是一个由人们的信赖造就英雄的世界，而获得最多信赖的英雄被誉为一一 X 。在这个世界里，人们的信赖是可以被数据统计出来的，并且这些数值会反映在每个人的手腕上。只要获得足够多的信赖值，普通人也能拥有超能力，成为拯救世界的超级英雄。然而，持续变化的信赖值让英雄之路充满未知．...
故事讲述一种奇怪的病毒破解了人类的基因码，能把人类转变成破坏力十足的怪物。驹田和越谷这两个教授追踪并销毁这种病毒。他们当中的一个已经感染了病毒，并且每天都在扩散。同时，一个怪物盘踞在东京街头，撕开年轻女人的腹部吃她们的肝脏。一个有名的通灵人知道这个怪物的秘密身份。现在，驹田和越谷必须搭救通灵人和他美丽的女儿
