全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD），千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。火、铁、电气、玻璃、手机……千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展——STONE WARS，就此开战！
故事发生在一座民风淳朴风景秀美的小镇之中，曾经，天空上出现的巨大黑色圆盘令人们陷入了恐慌之中，但除此之外大家的生活却并未受到实质性的影响，世界依旧在照常运转着，久而久之，人们渐渐习惯了被圆盘笼罩的生活。 古宫乃乃香（夏川椎菜 配音）跟随着父亲回到了曾经的故乡圆盘之街，在那里，乃乃香遇见了曾经的玩伴们。个性孤僻沉默寡言的户川汐音（小松未可子 配音）、活泼开朗的看板娘椎原小春（佳村遥 配音）、对圆盘的存在十分反感的水坂柚季（丰崎爱生 配音）和她的哥哥水坂凑太（石川界人 配音），当失落的回忆再度被记起，当告别的朋友们重新相聚，命运的齿轮开始了它的转动。
TV动画《通灵王》宣布续篇制作决定。
