在新季节里，三云队为了晋级A级以及选拔远征部队而参加B级等级战的时候，受到了近界最大军事国家阿富特克拉德命令的附属国加罗普拉出现，急袭本部。 从被绝密召集的边界精锐部队的迎击战中拉开帷幕。 从率领着大量特立恩兵的加罗普拉的进攻中，边境能守护本部吗！？ 随着动画的发展，动画世界也越来越热闹。
原不良少女虎视虎子为了掩饰自己曾经是不良，在高中保持着品行端正的形象。这天她出门看到一个长鹿角的女生挂在电线上，救了她之后没想到她就是转校生！还疯狂暴露虎视虎子的秘密！女孩子们的搞笑校园日常来了——
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“天才”在被发现后开始塑造其轮廓。此时，天才前锋凪诚士郎的自我正征服世界！！ 把“好麻烦”挂在嘴边的高二学生凪诚士郎，整天过着百无聊赖的日子，直到梦想成为世界杯冠军的同校同学御影玲王发现了他的天赋。在玲王的邀请下开始踢足球的凪，发挥出了超乎想象的足球天赋。某日，他收到了“蓝色禁区”计划的邀请函，等待他的是与洁世一、蜂乐回、糸师凛这些从全国各地精挑细选出来的前锋们的集结。强强激战中，最终，天才凪诚士郎迎来“觉醒”时刻！
《高中舰队》新作OVA将于2017年发售！内容是TV版的后日谈。
