贪婪的人类发现开普勒星后，疯狂开采该星的能源生物——卡拉萝，使得开普勒星寸草不生。菠菜为了找寻最后一株卡拉萝，与小伙伴奶泡泡、嘎嘎意外卷入了一场惊天大阴谋，为了拯救星球，三个小英雄不畏艰难，最终凭借勇敢和智慧战胜了比自己更强大的敌人。
学園ヴァンガード！？ この物語の主人公・先導アイチが葛木カムイ、戸倉ミサキとチームを組みVFアジアサーキットを制してからはや数か月・・・中学生だったアイチは高校生になっていた。 アイチの通う学校は優秀な生徒たちが集まる名門として知られる宮地学園高等部。ヴァンガードを介して友達となった森川カツミや井崎ユウタといった同級生たちは別の高校に進学し、アイチは孤独な環境で高校生活をスタートする。 入学した当初は慣れない環境に戸惑ってばかりのアイチだったが、馴染みのカードショップ「カードキャピタル」の仲間である櫂トシキや三和タイシたちのアドバイスを受け、学校生活を充実させるため、アイチは学校にヴァンガードをする部活「カードファイト部」を作ろうとする。
