在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
日本各地出现了异空间「魔都」── 由于只有女性能从魔都的「桃」得到特异的能力， 因此便由女兵组成了「魔防队」。 某一天， 过着抑郁生活的男高中生──和仓优希 不小心闯进了突发性产生的魔都入口， 在那里，遇到了「魔防队」第七组的美丽队长──羽前京香， 而她竟向优希宣言：「我要你当我的奴隶。」
冰川小雪是一位内向的学生，她总是向外筑起一道高高的心墙，只跟儿时好友安昙美姫互动。有一天，名叫雨宫凑的男孩，没来由地开始试图打进小雪的心房，扰乱了她平静的生活。孤僻的小雪、受欢迎的美姫、没有边界感的凑和散漫的篮球员阳太，一起共度尴尬、偶有挫折却很充实的学生生活。一段由青春交织而成的群像剧即将展开。
这个世界是存在异人的。 张楚岚就是一个隐藏在普通人中的异人。在生命的前19年中，他一直小心隐藏着自己和别人的不同。直到有一天，神秘少女冯宝宝找上了他。从此他被活尸追，被怪人砍，被卷入了前所未见的麻烦之中……
普通的高中生·宗平被卷入了克拉科吉亚公国与格拉尼亚共和国之间的战争，格拉尼亚派了杀手来取他的性命，而宗平则不得不和作为他的护卫而来的鲁特中尉以及哈鲁卡少尉一起度日……
2016年日本的首都圈突然出现巨大的茧。从初次确认以来已经过了数月，其正体仍未判明，人们将这正体不明的茧称作Phenomenon。唯一能够明白的是被吸收到Phenomenon内侧的人们会开始发狂并互相残杀。对此感到焦躁的日本政府为了解决突然出现的Phenomenon而组织了特殊部队。总务省情报管理厅管辖扩张现实特殊战略队群特别攻击队——又名扩张少女系三重奏。
