Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
故事发生在箱庭学园，黑神目泷（丰崎爱生 配音）是学园一年级的新生，作为学校里的学生会长，黑神拥有完美的外表，优异的成绩，强健的身体和丰厚的家底，如此完美的女神，在生机勃勃的校园里会遇见怎样有趣的故事呢？ 人吉善吉（小野友树 配音）是黑神的青梅竹马，两人从小玩到大，彼此之间感情十分要好。作为支持率百分之九十八的学生会长，黑神联手人吉善吉设置了“意见箱”，同好友阿久根高贵（浪川大辅 配音）、喜界岛枫夏（芽野爱衣 配音）等人一起，解决校园中的各类疑难杂症。然而，随着黑神的势力越来越大，一些不友好的声音随之而来。
这是一个围绕着单身青年漫画家大树与一只萌宠猫咪——神秘的“耳朵族”阿淼的生活趣事记录。阿淼的到来，使大树波澜不惊的生活发生了翻天覆地的变化。尽管时常手忙脚乱，麻烦不断，但也让大树体会到了真正的“生活”，使得他的心中，第一次对于“温暖”“幸福”产生了实感......
西部拓荒时代为背景的爱情温馨小品。这篇是由神北克的原创故事「亚弥王」所改编
宿舍管理员杨浩在末世来临后被三个学生欺负，丢出门外，又胖又弱小的他面对饥肠辘辘的丧尸，毫无生还的可能。然而濒临死亡的他却意外获得了捡属性系统！ 系统加持下，杨浩能通过击杀丧尸获得属性点，进而改造身体，升级能力，获得各种稀有武器装备。 一条通往末世王者的路在杨浩脚下展开，从今天开始命运掌握在自己手中！
