Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
被各国分割统治的中世纪的神州·日本。在那上空中由八艘船组成的都市舰“武藏”航行着……在遥远的未来。经过了“重奏统合争乱”，并把联繫着人类的命运的“圣谱”作为原本历史的再现而执行的各国。然后，是各式各样把迷惑与决意藏于胸口，前进开拓着未来的人们。把互相重合的中世纪世界作为舞台，学生们在学园国家间的抗争正式上演了！
一个是出门不带脑子，智商时常不在服务区的未成年笨蛋女孩，一个是思维能力爆表，有材料就能制造原子弹的冷面技术宅，本身不可能在同一个世界的两人，一个为了摆脱智障的帽子，一个为了不去自己不喜欢的地方居住，破天荒的组合在了一起，为了在高考证明自己而求师的米栗，为了赶走她自己享受清静而各种套路的百曳，两人在各种争执中反而向另一种方向发展开来？
故事发生在以武为尊的九霄大陆，讲述了现代学生林枫，因为一场车祸，穿越到武魂未觉醒的“废物”林家大少爷身上。从此以双武魂之力，一路突破修为，披荆斩棘，收获知己红颜。得惊世传承修武道、踏九霄、破天地、傲苍穹、主宰武道的故事。
唐三藏师徒取得奇经交予天庭的十六年后，世界却并没有因此变好。如今奇经下落不明，天庭派大军大肆搜寻，以天羽山之战为起点，狼妖白狼不辞万难地寻回当年取经的唐僧师徒，小队集结踏上还经之路……史上最颠覆的西游传奇便在此展开。
当一个人面临人生中的重要选择之时，头上便会竖起旗帜，而表面看似平凡的少年旗立飒太（逢坂良太 配音），却因为一场意外而获得了能够看见这些旗帜的特异功能。某日，飒太转入了世界闻名遐迩的贵族学校私立旗谷学园，在这里，会发生怎样有趣的故事呢？ 傲娇毒舌的公主菜波（木户衣吹 配音），温柔内向的魔法泽茜（芽野爱衣 配音），高贵难以接近的圣帝小路美森（田村由香里 配音），成熟贤惠的青梅竹马召唤寺菊乃（阿澄佳奈 配音），英姿飒爽的盗贼山惠（花泽香菜 配音），在这些可爱女孩子们的包围下，一场有笑有泪的戏剧正式拉开了帷幕。
2018年的某一天，少女们和另一个世界的“自己”相遇了——。 高中生土宫明日架与朋友们隶属“矿石电台研究会”，在一次游戏中，她们效仿都市传说举行了“某个仪式”。不料仪式打开了平行世界，她们踏入了与日常截然不同的领域，新世界的大门就此打开。
