Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
当佩奇得知今年全家不会去度假时，她感到非常失落。然而一场突如其来的暴风雨，竟将她带到了遥远的中国！佩奇一路解锁奇妙冒险，直到与家人重逢，佩奇拥有了最完美的假期。
高中女生朝雾彩，在学校中朝雾彩每天被同学欺凌在家中被哥哥虐待，在精神几乎崩溃之时，朝雾彩误打误撞的进入了一个「魔法少女网站」获得了魔法少女的手杖拥有了魔法力量，而在某天彩又被同学欺凌时使出了手杖的力量，同学突然从自己的眼前消失之后，同学出现在了一个远离自己的地方最后凄惨的死去。 而这个魔法少女手杖的能力并非能够无限使用，使用一次使用者的寿命就会减少，当魔法少女手上的纹章完全消失时魔法少女就会死去。 而在故事的设定中一共有 18 个魔法少女网站，有 18 个网站管理人也就是至少存在 18 位魔法少女，尽管女主角圣母属性爆棚因为意外的杀死了同学而负有罪恶感，但有其他魔法少女在抢夺手杖从而引发了魔法少女之间的争斗。
“The 3rd Division”结束后经过了5年，日本国土分裂为东西两国，东边由“CFC”统治，西边由“日兴连”统治。原首都东京变成无法治地带，其中因战争而荒废的都市丰岛被犯罪组织“VISKIO”占领了，并在那里举行一场名为“IGURA”的死亡格斗游戏。故事的主角明，因不存在于自身记忆中的杀人行为而被逮捕，作为无罪释放的条件而被迫参加这场死亡格斗游戏，并且还要击败犯罪组织“VISKIO”之王。明又将如何面对接踵而来的命运呢，血色物语即将开幕……
猫土，本是一片猫的乐园，自从被邪恶势力统治后，混沌遮天蔽日，魔物肆虐横行。只有拥有韵力的“京剧猫”才能带领众生打倒邪恶的首领解救猫土！ 无父无母的主角白糖，年幼时曾被京剧猫所救，立誓长大要成为伟大的京剧猫。在一次与魔物的斗争中，它结识了星罗班的京剧猫末裔武崧、小青、大飞，并加入星罗班拜金婆婆和唐明为师。白糖虽没有名门血统，但天赋过人，它依靠惊人的努力和永不言弃的信念，突破重重考验，终于成为了真正的京剧猫。并与小伙伴们前行，净化邪恶势力，拯救猫土，解救家园！
本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。 同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。
