Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
明明上一秒还其乐融融的餐厅，下一秒竟然血流成河……明明是爱民如子的君王下一秒竟然变成嗜血凶兽……“明”失去了一切在乎的人，这个糟糕的王真的很糟糕！我要向他复仇！等等，你是说面前这个只剩100天寿命的魂魄才是真的“烈”？好好好！100天，就让我俩一起加冕称王吧！
【第一版】仙界至暗，众生皆材；残躯少年谷安，于生死绝境夺得古神之力，携以无限灵气，执凡刃，荡恶人，雪深仇，斩苍穹！ 【第二版】从小努力，立志成为仙人，却不料先天缺乏灵根，无缘仙途，还被拐入诈骗园区，九死一生……转我50灵石，聆听我的复仇上位计划。
杀死勇者，杀死王者，魔兽得到了“命运之赤子”…… 拥有超越人类智慧与毁灭性力量的魔兽之王克雷巴特斯，因被接到讨伐命令的 13 位勇者所激怒，决心毁灭人类。然而，他却意外地被托付了一件麻烦至极的东西——那是一名刚刚出生不久的人类婴儿。
活在自我世界中的乔西，遨游在自己感兴趣的绘画和书籍的海洋中。自幼便一直坐在轮椅上的她，某天在一个危险的斜坡上差点摔倒的时候，得到了大学生恒夫的帮助。专攻海洋生物学的恒夫，为了实现自己能够亲眼看一下只生活在墨西哥的梦幻鱼群的梦想，日夜不停地在进行着兼职打工。 和乔西相依为命的祖母千津看到这样的恒夫，向他介绍了一份兼职工作。这份工作的内容就是听从乔西的要求，并想办法满足她。然而，固执且不善与他人交流的乔西对恒夫非常刻薄，而恒夫也没有在意乔西是个残疾人，直率地回应她。 就这样逐渐地，双方的距离缩短，开始了解对方。在两人接触的过程中，乔西也下定决心，要与恒夫一起去看看自己梦寐以求的外面世界…… 影片改编自田边圣子小说《Jose与虎与鱼们》。
八坂一（三瓶由步子 配音）是一个普通的少年，每年夏天，他都要借宿于祖父位于海边的老宅。这一年是注定不平凡的一年，在方舟咖啡馆里，阿一遇见了令他一见钟情的女子——岚山岚（白石凉子 配音）。岚亮丽的外表和开朗的性格吸引着阿一的注意，但更重要的是，当阿一和岚的双手相触之时，他们居然穿越回了古代的日本！ 原来，岚的实体在二战时期早已死去，现在出现在阿一面前的，是一种被称之为“幽灵体”的存在，当幽灵体遇到了特定的人物时，便能够激活其穿越时间的能力。在咖啡馆里，越来越多的幽灵体聚集在了一起，在她们对于往昔的思念和忧伤之中，岚和阿一发展出了一段超越了时空的爱恋。
大好真人（石谷春贵 配音）是一位非常平凡的男子高中生，和大部分的同龄男生一样，真人对游戏和那些勇者斗恶龙的古老传说有着很大的兴趣。唯一令真人感到困扰的是，他拥有一位对他过度保护和过度关心的母亲真真子（茅野爱衣 配音），虽然明白母亲是因为非常的爱自己才会如此表现，但母亲的爱常常令真人感到喘不过气来。 一场意外中，真人发现自己竟然被传送到了游戏世界之中，本以为终于能够摆脱真真子的束缚的真人万万没有想到的是，为了追随儿子的脚步，真真子竟然也紧随其后来到了游戏之中。不仅如此，真真子在游戏里还大受欢迎，人气非常之高。
多額の借金を抱え、さらに医者から余命2年を宣告された大学生、佐々木常宏。 鬱々とした日々を過ごす常宏は、ある日借金取りに追われ海に転落したところを、 釣り好きの少女ハナとその釣り仲間の貴明たちに助けられる。 ハナに勧められるまま人生初の釣りを経験し、その釣り仲間とも親交を深める常宏。 ハナや貴明の働くコンビニでバイトも始め、難解な釣り用語や生アミの匂いに苦戦しながらも、徐々に釣りにハマっていく。 手元に伝わるアタリは、生の実感――。 転落し続け世界を見上げるだけの人生は、そう簡単に変わらない。そんな常宏が釣りを通して見つけたものとは……？
