Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
讲述埃利奥特和他们所有的森林朋友一个全新的冒险，Boog他决定自己旅行，一个酷似马戏团的灰熊，接管他的位置。 布格的朋友准备把他从俄国旅行马戏团带回家。一连串有趣的事情。
故事讲述爱闯祸的无名小卒缪恩，有一天阴差阳错得成了重要的月亮守护者，而他任职第一天就造成大错，间接导致太阳被偷、月亮消失、世界大乱。于是，他不得不携手太阳守护者和蜡质姑娘茜尔，展开一场大冒险，揪出混乱背后的黑手，拯救世界。
艾拉小镇是一个人与精灵共存的时尚小镇，可可和她的小伙伴们生活在这里，她在这里经营着一家名为LALALACOCO的时尚商店。偶然一天，刚搬来艾拉小镇的小女孩露莉，经过可可的商店，被里面漂亮的服饰吸引进去，原本不善打扮，性格害羞的露莉逐渐认识了可可和可可身边的朋友们，在他们的指点和交流下，原本封闭的心也逐渐敞开，变得越来越有自信。
牙鬼との激闘から2年、それぞれの夢に向かって旅立った6人は好天の三回忌をきっかけに再び忍術道場に集まった。そこへ突如現れた牙鬼の残党を相手にお互い成長した姿を見せ合うように妖怪を倒していく天晴達。中でもガシャドクロを生身で倒してしまう風花と霞の成長に驚く一同。なんとこの2年、2人は強さと人気を兼ね備えたアイドル忍者“ニンニンガールズ"として平和を守っていたのだった! 戦いを終え久々の再会を喜ぶ6人の前に「久しぶりね天晴」とまさかの人物、天晴と風花の母・桜子が現れた。しかも風花と霞を誘い“ニンニンガールズ"をプロデュースしているというのだ。さらに世界進出を考える桜子から“伊賀崎流"の名前をかけて“ニンニンガールズ"と真剣勝負を提案される天晴、八雲、凪、キンジの4人は“ニンニンボーイズ"として受けて立つこととなった。この試合もアピールの場として使おうとする桜子は、新メンバー・九重ルナの加入をサプライズ発表。さらにミドニンジャーシュリケンを勝手に与える暴走っぷり。そして数合わせとして旋風も加わり4対4の真剣勝負が始まった。 時を同じくして、執念の復活を遂げた有明の方が萬月の復活と、真剣勝負を利用したニンニンジャーの分裂を企て暗躍を開始する――。 果たしてニンニンジャーは再び世界の平和を守ることが出来るのか! ?
