Muv-Luv ATE全名为《Muv-Luv Alternative Total eclipse 》，全集动画片改编自《Muv-Luv Alternative》的外传小说。故事的时间设定在西元2001年，由于人类遭到地球外起源种(联合国称其为BETA)的侵略，正面临灭亡的危机，因此人类开始了先进战术机技术开发计划“XFJ计划”，各个国家均派遣了专门人员参与其中，该作讲述的就是这些被派遣过来的人员之间的故事。 （有虫子吃掉妹纸情节,反差极大,请谨慎观看.）
正体不明の怪獣たちが突如出現。 シュールな世界観の中で“怖カワイイ”愛玩怪獣たちが次々と登場し、縦横無尽に暴れ回る。 玩具のような外見の彼らは、見た目も行動もそのすべてが人間の想定外。 人類に未来はあるのか、ないのか？
人才云集的精英校·秀知院学园，在该校的学生会相遇的副会长·四宫辉夜与学生会长·白银御行。无论任何人都认为十分般配的这两位天才，本以为很快就会喜结良缘，但碍于过高的自尊心而仍然未能告白!! “如何让对方告白”在这样的恋爱头脑战中穷尽智略的两人…其罕有的知性热失控!!已经完全无法控制!!恋爱让天才变成傻瓜!!新感觉“头脑战”？恋爱喜剧，再次开战!!
在现实中，坂本龙太（本乡奏多 配音）是一个个性孤僻沉默寡言的宅男，但在网络游戏“BTOOOM！” 里，龙太则化身成为了实力超强的世界级玩家。令龙太意想不到的是，在某一天，本该属于虚拟世界中的厮杀蔓延到了现实世界里来，连他在内的数十位男女被某个神秘组织强制带往了一个荒岛上，在那里，进行着与网络游戏同名的真人游戏。为了生存，龙太必须利用自己的能力同素不相识的陌生人们战斗到底。 金发碧眼的少女卑弥呼（三森铃子 配音），曾经的好友织田信隆（中村悠一 配音），狡猾残暴的今川义名（奈良辙 配音），有着双重人格的吉良康介（泽城美雪 配音），他们为何会被卷入这场游戏？又是谁在背后操控着大局？一切尚在迷雾之中。
