在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
统一历1923年6月。金发碧眼的幼女，谭雅·提古雷查夫，正作为部队勤务的一环而在北方军管区诺登战区第三巡逻线进行帝国军士官学校最终课程的研修。作为航空魔导师向着光辉履历踏出第一步的研修，平安无事地结束——本该如此。但事态却向着超出预料的方向转变。以协约联合的越境侵犯为契机，帝国与协约联合进入战争状态。随着转移至战时体制，谭雅被交付了观测任务，但协约联合军发动奇袭，谭雅陷入不得不与敌军魔导师中队单独交战的事态。敌众我寡，就连在我军抵达之前牵制敌军都无法做到，但逃跑的话则难免敌前逃亡的死罪，她面临这种绝望的状况。为了无论如何存活下去，并在面对高层时做到最好的应对，谭雅使用了某个战略……。“那是，披着幼女皮的怪物——。”
小天、小飞、小刚原本只是“希望市”里三个个性、理想与家境都截然不同的普通青年，因为各自特殊的才能，在因缘际会中住到了同一屋檐下，与同样具有神秘能力的密修者欢迎相遇，签下了铠甲契约，获得可以召唤源于阿瑞斯星球、结合宇宙最高科技结晶的高能战斗铠甲的能力，成为新一代代表正义力量的铠甲勇士——刑天侠、飞影侠及金刚侠，与以路法大帝为首的幽冥军团及其爪牙展开坚决斗争。路法大帝和他的幽冥军团早在一千年前就为了抢夺地球的核心“能晶”而来到地球，被同样来自阿瑞斯星球的第一代铠甲勇士经过了轮番血战之后，封印在镇魔塔内。一千年后，阻止路法大帝再次复活的正邪大战拉开了序幕，刑天侠、飞影侠及金刚侠成为战斗主力。
2071年，随着超光速航行技术的实现，人类得以在太阳系范围内方便的移动，但是由于设计上的失误，这种技术引发了月球的爆炸，无数的月球碎片被吸引向地球，造成了空前绝后的大灾难。存活下来的人类逃离地球，并开始在太阳系各地建立家园。由于这次灾难，国家政府等权利机构都极为不稳定、治安问题也成为了一个难题。有些组织开始允许个人抓捕通缉的罪犯并换取奖金，这就是“赏金猎人”。史派克和杰特是驾驶飞船BEBOP号在宇宙中以捉拿逃犯获取奖金为生的赏金猎人。两人在星际间的旅程中，结识了身负巨债、嗜财如命的美女菲和电脑神童艾德，并收养了拥有高智商的数据狗爱因。从此，四人一狗游荡在广阔之宇宙之中，在自己与他人的生活中经历著种种悲欢离合，也寻找著各自的过去。
小建筑师巴布和可爱的组员Dizzy、Lofty、Muck、Roley、Scoop，加上稻草人Spud、猫咪Pilchard及好友Wendy可说是城市中不可或缺的重要人物喔！他们除了修修马路外，要负责维修受损的东西，当然少不了盖新大楼等大工程。为了让剌猬们安全过马路，小小建筑师们专程替刺猬盖了新的地下道；巴布还会修理热水管，爱耍宝的他却把水管拿来当喇叭吹，吵得大家不得安宁；举凡城市中发生的芝麻小事，交给巴布准没错，可是生性迷糊的他，一天到晚闹笑话让大家哭笑不得！
