ガイラー星的考察队遭遇事故而在地球迫降，迟迟等不到本星救援队的考察队内部终于发生了内乱，过激派ゲルドン夺权称帝，建立ガイラー帝国并准备利用超兵器空爆机器人侵略地球。主和派的ヤン博士为了阻止ゲルドン的野心，将新型空爆机器人“グロイザーX”托付给女儿リタ，并让她将ゲルドン帝王的野心告知地球人。リタ脱出后遇到了特技飞行员海坂譲，两人一同驾驶グロイザーX开始了战斗。
令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
在枪与钢铁的世界“Gun Gale Online”享受着单人游戏的女性玩家·莲。喜欢可爱事物的她，全身清一色的粉红色装备，不断累积游戏经验，并逐渐增强实力。之后，由于某件事而对于PK（玩家狩猎）觉醒了兴趣的莲沉迷于PK中，并终于到达被人称作“粉红恶魔”的地步。 这样的莲，与神秘的美女玩家·Pitohui相遇，并和她意气相投。莲按照她所说的，参加了小队作战活动“特攻强袭”。
天生拥有“冰火同源”体质的融念冰，自小被冰神塔追杀，跳崖明志后被“鬼厨”查极所救并收为徒，悟到“以魔入厨”的奥义。只身来到冰雪城后，一边精进厨艺，一边苦修魔法，念冰惊人的实力初现端倪。然而，危机接踵而至，念冰是否能化险为夷，成为仰光大陆顶级魔法师？
位于东京西部的巨大“学园都市”。 在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。 在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女——最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。 最强而最凶的“恶”——一方通行， 扫平学园都市的“黑暗”!!
