为苍生大义，白小纯不得不与通天道人展开决战。随着旧世界破碎，众人流落天外的永恒大陆。而在这里白小纯将面对更严峻的挑战，更强大的敌人……
中学时经历了100次失恋的爱城恋太郎，怀着“这次一定要在高中交到女朋友！”的心愿来到神社，现身的恋爱之神告诉他：“你在高中将会遇到100位命中注定之人。” 然而神明表示，遇到命运之人的人，如果无法与对方相爱并获得幸福，就会死去…… 接连不断出现的与命运之人的相遇——恋太郎会怎么做？100位女朋友又会有怎样的结局！？
在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
藏匿了大量希有魔物和稀奇宝物的传说之地──隐藏迷宫。失业的贫穷贵族三男.诺尔，幸运地开启了该座隐藏迷宫的入口。在隐藏迷宫中，诺尔学会了创作、赋予和编辑技能的能力。除此之外，使用这项技能时，竟然需要「吃好吃的食物」或是「与容貌出色的异性进行亲密接触」，以储存必要的点数……？「只有我能进入的隐藏迷宫，低调锻炼化身世界最强！」
又是一年圣诞节即将到来，冰川上的老朋友们自然不会错过这个重要的节日。松鼠斯克莱特（Scrat）仿佛来到了天堂，因为到处都有用来装饰用的松果，他也惹出不少乱子和笑话。另一方面，猛犸象曼尼正在推着一枚巨大光亮的圆石，他称之为“圣诞石”，是猛犸象家族世代流传的宝物。相传圣诞节见到这枚石头就会知道这家里有小孩子存在，从而留下礼物。曼尼的女儿小桃分外激动，他们的欢笑声也引来了剑齿虎以及惹祸精希德。希德声称只有用漂亮的圣诞树才能吸引圣诞老人的注意力，可是他却阴差阳错弄碎了圣诞石。曼尼非常生气，他称希德已经上了圣诞老人的黑名单，与此同时他又否认圣诞老人的存在。 为了证明圣诞老人的真实性，希德和小桃踏上寻找的旅途……
当初为了避开巨人的进攻，人类修建了地下街道，不过这项企划很快废止，地下街最终成为贫民与无法之徒的栖息之所。利威尔（神谷浩史 配音）和法兰是一对好朋友，他们自行学会了立体机动装置，渴望有朝一日沐浴在阳光雨露之下。偶然的机会他们救助了被人追杀的女孩伊莎贝尔，伊莎贝尔则恳求二人教她使用立体机动装置。在此之后，他们被神秘政客召唤，要求执行一项绝密任务，以赢得地面居住权。行动中他们遭到调查团的追捕，埃尔文·史密斯（小野大辅 配音）欣赏利威尔等人的实力，于是将其招入调查团中。三个少年如愿走上地面，不过他们仍没忘记未完成的任务……
高中生弘树和彼方从小形影不离,感情非常好。一日弘树遇到了车祸,而出壳的灵魂却看到自己安然无恙的又活了过来。原来是具有神秘力量的少女PHALEI一直因为被认为会毁灭祖国而被关在黑暗的地牢里,身体也一直停留在14岁状态,她找到弘树的灵魂成为她追求的光芒。于是制造了车祸想夺走弘树，弘树进入了彼方的身体,和另一个自己对面,争执中两人落入大海。PHALEI发现无法强求到爱,于是把时间拨回到弘树出车祸的时刻,借助彼方的力量,在重演的事件里弘树成功生还,灵魂也终于回到了自己的身体里。
