在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
再び大海原に飛び出した 千空達の旅路をお楽しみに‼
物語は新たなステージへ── 『POP IN ２』のリリースから半年。 ＭＥＭちょの尽力の甲斐もあり、今やB小町はブレイク寸前。 アクアはマルチタレント、あかねは実力派女優の道を順調に歩んでいる。 一方で、かなは以前の明るさを失っていた。 そして、アイとゴローの死の真相を追い求め、ルビーは芸能界を駆け上がる。 ────嘘を、武器にして。
动画剧情舞台为2047年，与人类之敌「D2」对抗而荒废的美国。指挥家「朝雏タクト」与「Musicart」的少女「命运」，在失去音乐的世界中各自为了自身的渴望，共同出发前往纽约。
被孤儿院赶出、濒临饿死边缘的少年中岛敦与一群风格奇异的男人们相遇了。
