这是一个被巨人支配着的世界。成为巨人的食物的人类建造起了高达50米的巨大墙壁，以自由为代价去防止墙外的巨人的侵略。10岁的少年艾伦·耶格尔梦想着看到未知的墙外的世界。艾伦对那些满足于暂时的和平而放弃外出的人们感到格格不入。艾伦称他们为“家畜”。他们认为艾伦是“异物”。但是，由于能跨越墙壁的超大型巨人的出现，艾伦的“梦想”和人们的“和平”都瞬间土崩瓦解了。
“天才”在被发现后开始塑造其轮廓。此时，天才前锋凪诚士郎的自我正征服世界！！ 把“好麻烦”挂在嘴边的高二学生凪诚士郎，整天过着百无聊赖的日子，直到梦想成为世界杯冠军的同校同学御影玲王发现了他的天赋。在玲王的邀请下开始踢足球的凪，发挥出了超乎想象的足球天赋。某日，他收到了“蓝色禁区”计划的邀请函，等待他的是与洁世一、蜂乐回、糸师凛这些从全国各地精挑细选出来的前锋们的集结。强强激战中，最终，天才凪诚士郎迎来“觉醒”时刻！
全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年——。 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 “从石器时代到现代文明，要跨越这科学史上的200万年！”。 在这走投无路的状况中，千空寻找着伙伴，决心取回原先的世界！
