清水凑（上村祐翔 配音）曾经是一名水球运动员，但由于一场意外的发生，导致他在初中三年级的时候决定放弃水球这项深爱的运动，升上高中后，凑在阴差阳错之下结识了名叫冈荣太郎（西山宏太朗 配音）的男生。荣太郎是凑曾经的校友，因此十分了解凑身上所发生的那些悲惨的故事，亦十分向往能够和凑就读同一所高中。 城岛让（木村昴 配音）是水球社的社长，在他的苦心劝说之下，凑终于同意了加入水球社。曾经是游泳能手的网滨秀吾（齐藤壮马 配音）、个性十分容易冲动，大大咧咧的江尻武一（古川慎 配音）、温文尔雅性格平和的猪俣巴巴亚罗丰（畠中祐 配音），在学校里，凑很快就交上了朋友，也重新拾起了对于水球运动的热情。
谷山麻衣（名冢佳织 配音）是个有预知和感应能力的高一女生，机遇巧合之下认识了长相英俊、颇为自恋的涉谷一也（泰勇气 配音），原来他是个专业的狩灵师，还是专门调查灵异事件事务所的所长，他身边有个叫林兴徐的助手。麻衣所在的学校出现了谣传，说旧校舍被灵所诅咒。涉谷一也受到校长委托，来到学校调查。同时被叫来的，还有巫女松崎绫子、和尚滝川法生、驱魔者约翰·布朗和灵媒师原真砂子。一行人在展开调查之时，发生了种种事故，这究竟是何种力量在作祟？ 事件解决后，涉谷一也邀请麻衣加入他的涉谷心灵研究所（即SPR）打工。SPR接受各种委托，对各类灵异事件展开调查。麻衣和涉谷他们不仅仅用自身超能力解决问题，而且还会用现代科学解释。
故事发生在一个妖怪与人类共存的世界中。众多的妖怪分为激进派和保守派，其中，激进派的妖怪们经常会犯下危害人类安全的案件。为此，一个名为“妖人省”的机构成立了。在妖人省中，拥有一半妖怪血统的人类被集结起来，他们和人类组成搭档，专门解决由妖怪引起的不思议事件。 西王石榴（中原麻衣 配音）就是妖人省的一员，她的搭档是外形超级俊朗但是内心十分害怕妖怪的军官总角景（樱井孝宏 配音），石榴经常因此而嘲笑胆小的景。此外，还有性格内向的薄萤（花泽香菜 配音）和她的搭档芳野葛利剑（日野聪 配音），古灵精怪的姐妹鬼灯（堀江由衣 配音）、雪洞（丰崎爱生 配音）和她们的准夫君花桐丸龙（尾裕贵 配音）。在调查事件的同时，石榴为何会成为半妖的原因也渐渐的浮出了水面。
