拥有健全感性的善良人市川京太郎，对位于食物链顶点的美少女山田杏奈在意得不得了。通过观察发现山田意外的一面…!? 虽然完全不知道在想什么不过非常贪吃，不如说除了吃根本什么都没在想，简直是个脑袋空空的人型母猪。理应不会缩短的两人间的距离，奇迹会发生吗!? 就这样京太郎的青春，正非常安静地发生变化……
故事发生在1924年的圣瓦尔贵族子弟寄宿学校玛格丽特学院，转学生久城一弥（江口拓也 配音）刚刚来到学校，就因外表而被称为不详的“黑色死神”。实际上，一弥是个老实又木讷的男孩，可正是这样的性格使他总是轻易的会被卷入难以用常理来解释的怪奇事件中。在一次杀人事件中，一弥遇见了身材娇小一头金发的少女维多利加（悠木碧 配音），这个谜一样的少女以其高超的智商帮助一弥脱出了险境，两人的羁绊也从此开始了。 在这个校园里，流传着许许多多耸人听闻的灵异事件，而在这些事件的背后，作祟的究竟是鬼怪还是人类，这个问题的答案就要交给一弥和维多利加去一一破解了。
故事发生在由德川幕府统治的江户时代，设定中，胸部的尺寸成为了定夺一切的标准，胸大则成王，胸小为败寇。因此，拥有着祖传的可以使胸部增大的秘传书的魔乳一族，其手中才真正掌控着一切的生杀大权，家族中的长老魔乳胸侧（斧敦志 配音）更是以其高超的剑术闻名于江湖之中。作为魔乳家的小女儿，魔乳千房（寿美菜子 配音）一直都对魔乳家女性的悲惨命运深感不平，她本人更是发誓，不被家族的命运所掌控。 魔乳家代代相传的秘传书被窃了，小偷不是别人，正是家族继承人千房本人。一石激起千层浪，在利用秘传书帮助广大女性的同时，千房还要面对从各路聚集而来的，对秘传书心怀不轨的忍者刺客。同时，魔乳家族也部下了天罗地网，誓要捕获她这个叛逃者。
莫凡强势归来战火院，灼原火劫历沧桑。
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
