本片主角伍六七原本在小鸡鸟上生活得无忧无虑,但因为失忆所以其身份成迷。随看外来者登入小岛认出了伍六七,各种阴谋也开始笼罩小鸡岛。于是伍六为了保护伙伴和他们的家园,决定回到玄武国迎接自己的宿命。
美雪（上野树里 饰）收到朋友的邀请函，邀请去“废墟之乡”小度周末，美雪喊上同学和青梅竹马的金田一（龟梨和也 饰）一同前往，临时被同学放鸽子，变成了2人独行。在废墟之乡的一家旅馆，同住的还有警察剑持（加藤雅也 饰）、摄影师、小说家、医生等几个人，旅馆员工凑青子温柔大方，旅馆老板在饭后给大家讲了当地流传的吸血鬼的故事。 50年前，这里搬来一户罗马尼亚人，被大家误以为是吸血鬼，村民放了一场大火，事后却没找到儿子的尸体，从此天天有人死于吸血鬼之口。50年后，一家三口搬到这里开了旅馆，经济泡沫导致破产后夫妇自杀，剩下的一个女儿6年前神秘死去，身上的血都被抽干了。 故事讲到这里楼上传来惊叫声，一名女子死去，美雪恰好是事件的目击者，次日又一而再再而三有人死去，所有的矛头都直指美雪，一直逃避侦探爷爷大名的金田一，为了保护最重要的人，决定找出案件的真相。
“知道夏日幻魂吗？”通过网络相识的高中生，友也、葵、凉。据称，都市传说中被称作“夏日幻魂”的是一位年轻女性的幽灵，只要燃放烟花她就会现身。无法迈向心仪人生的“友也”寻找不到容身之处的"葵"美好未来不翼而飞的"凉"他们分别有着必须见到夏日幻魂的理由。在生与死交织的夏夜，三人各自的思虑会迈向何方呢——
作为动画3期的先行，以《摇曳百合：暑假时光+》为题的新作动画将分别于2015年8月和9月各放送1话，内容则是2014年11月上映的《摇曳百合：暑假时光》的后续
