《狐妖小红娘》的故事围绕人与妖之间的爱情展开。根据古典小说记载，世上有人有妖，妖会与人相恋，妖寿命千万年，人的寿命有限，人死了，妖活着。人会投胎转世，但投胎以后，不记得上辈子的爱。妖如果痴情的话，就去找狐妖“购买”一项服务，让投胎转世的人，回忆起前世的爱。狐妖红娘这一个角色就这样诞生，作品主要讲述了以红娘为职业的狐妖在为前世恋人牵红线过程当中发生的一系列有趣、神秘的故事。
“私立键等学园”。这里是，20年间从全世界的key粉那里榨取了超过琵琶湖总水量（推测）的眼泪的，传说中的猛人们聚集的魔境……或者说，理想乡。粉丝们的泪腺已经无法满足他们，于是他们破坏了世界之壁聚集在一起。他们的目的是——在新世界讴歌新的学园生活。无限自由。无限快乐。无限幸福。梦幻般的故事，在此开始。
月落和亚晨是一对双胞胎兄妹，他们在一个与世隔绝的深山小村落里出生，被称为“分隔夜与昼的双子”。他们拥有获得特殊力量的资格，一场围绕他们的双使战斗也随之展开。 双使是一种成对的存在，被人类冠以“幽灵”、“怪物”、“怪兽”或“异形”等各种各样的称呼。它们并非人人可见，各自拥有不同的外表、性格和能力。每对双使都有一个与之缔结契约的主子，而指挥它们的主子被称为“双使师”。 许多大人在双胞兄妹开始懂事前就暗中操纵，试图夺取他们的力量，因此月落和亚晨在年幼时就被迫分离。本作故事以兄妹俩的重逢展开序幕。
故事延续第二季主线，灵界与斗魂卫在利益纠葛之下冲突不断，本季灵界派出强盛军队欲对斗魂卫赶尽杀绝，两方势力都在以正在举办门宗大会的五法山为中心汇集，在这里发生着惨烈的战斗与冲突。
伍六七接到神秘任务过程中却意外丧失记忆，为了唤醒记忆，伍六七去到过往记忆发生的地方见到记忆相关的人，其身世之谜也随之逐渐浮出水面。
城市的一角，有家白熊咖啡厅。经营他的主人自然是白熊（樱井孝宏 配音）。客人从人到动物，无所不有。其中的常客当属熊猫（福山润 配音）和企鹅（神谷浩史 配音）。他们时常坐在吧台边，边喝咖啡边说着新鲜事。 熊猫在动物园做兼职，爱好是打滚吃竹叶，希望整日都可以懒懒散散的，害怕被妈妈用吸尘器吸。企鹅先生暗恋面包店的企鹅小姐，为了有朝一日带其兜风学了驾照，酝酿着告白，殊不知告白后的惨状。白熊时不时插上冷笑话，故事多多，难辨真假。除此之外，白熊咖啡厅里还有总被人忽视的羊驼、开酒吧骑机车的灰熊、打工的笹子小姐、动物管理员半田先生以及熊猫控的花店老板林林……大家围绕着白熊咖啡厅，上演着萌点满满的治愈系故事。
