小新今年5岁了，不要以为他是那种懵懂无知的小孩，他其实人小鬼大，喜欢漂亮的姐姐，收养了一条棉花糖一样的流浪狗——小白，还经常讲些无厘头的黄色笑话。小新的妈妈美伢是一个全职主妇，粗心而又有点神经质的她经常被小新捉弄得七窍生烟，爸爸野原亦经常被这两母子搞得晕头转向。 《蜡笔小新》的作者以一个5岁小童的眼光，40岁的成年人的心态去观察这个大千世界，看到了许多光怪陆离的景象，小新一家的幽默故事亦由此产生。
遥远的，遥远的，时空的彼方。 宇宙里有一群自称为“黄金一族”的人。 创造星群、拥有预知未来能力的他们，向其他还没有成熟的种族发出了呼唤：“启程吧！从自己的母星，到宇宙去……”。 三个种族回应了他们的呼唤。 黄金族把他们分别称为：白银族、青铜族、英雄族。 当黄金族决定离开这个宇宙，到另一个宇宙去时，出现了新的回应者——靠着自己的力量冲出宇宙的第四种族——人类。 黄金族把他们称为“黑铁族”。
小顾和母亲给去世的父亲扫墓,小顾突然掉进了虫洞之中,回到了十年前。这个虫洞是未来的科学家实验失败所致,但新虫洞出现的时间并不确定。 这时小顾发现穿越回来的时间正是父亲病重(白血病)之时,也正是这段时间, 父亲对小顾态度很差,让小顾在以后的生活中都觉得父亲并不爱自己。 小顾以家教的身份隐居在小学同学罗童童家。小顾看到了小时候的自己。小顾在父亲昏迷前与父亲见了一面,并坦白了一切,。 在父亲去世那一天,他们三个来到医院,站在病房外,听着病房里的哭声,小顾借机告诉小时候的自己父亲其实很爱他小小顾伤心地哭了起来。 突然,脑内的声音又响起,科学家告诉小顾半小时后他们制造的新虫洞会出现在某处。
故事背景设在明治64年，并由德川庆喜掌握权力的另一个日本。国家靠能量源「龙脉」，形成江户和科学混合的独特发展。但繁华背后，反体制派组织「蛇」正酝酿革命之火。德川政府委任暗组织「鵺」将其驱除。女主角-雪村笑羽在幼时被灭门，于是她作为「鵺」的处刑人，为报仇而持续寻找蛇野目……
