令和末期，日本因全球核战影响走向衰败，大量难民涌入，更严重的病毒、大地震、苛政与饥荒接连发生，引发民众暴动，国家体制崩溃，人口锐减至原来的十分之一以下，文明水平倒退至明治初期，并分裂为“大和”“武凰”“圣夷”三国。约一百年后，大和历56年，生于爱媛郡的少年三角青辉登上历史舞台，一段以日本再统一为目标的时代故事由此展开。
在日本这一“怪兽大国”，人们的日常生活遭受着怪兽的无情破坏。 主人公日比野卡夫卡，小时候住的城市遭到破坏，他与青梅竹马亚白米娜做出了“将怪兽全部消灭”的约定。 然而，32岁的卡夫卡梦想破灭，就职于一家怪兽尸体解体公司“怪兽清洁公司”。 相比米娜作为日本防卫队队员而日渐活跃，卡夫卡每天都过着忧郁的生活。 过来打工的市川莱诺告诉他，防卫队的年龄限制将会提高，并劝他去参加入队考试。 于是重新下定决心的卡夫卡，却突然受到神秘生物的侵蚀，身体开始怪兽化，被称为“怪兽8号”。
天命開章生滅斷，競雲濤影逐塵寰， 鏖兵萬禍封元史，鋒嘯神州破劫關。 聖魔烽火亙古蔓延，以太荒神決為始，聖護、魔禘共啟鏖戰，龠勝明巒、修羅鬼闕為立場與信念拋灑顱血，在海蟾尊運籌帷幄、葉小釵率古武族馳援、鬼如來內應配合之下，他化闡提開啟魔皇陵失敗，在喪失逆轉勝敗契機的同時，駭世之秘揭露，隱於征戰背後的黑手，早已悄然浮上檯面，厲族原生八種相繼現世，即將帶來一連串更為混亂的局面。 魔城血脈敗亡，槐破夢野心蘊釀成形，在騶山棋一運籌帷幄下，胤天皇朝聳立於神州大地，同時開疆拓土，與正道聯軍展開連番征伐，為此，三教仲裁憂患深應邀入世，帶領龠勝明巒與各方勢力，與胤天皇朝分庭抗禮，而原本由鬼覺神知授意作壁上觀的殊十二，逐步涉入世局，聖魔雙子，殺戮血脈，聯手鋪展皇途。 為避免戢武王血脈捲入聖魔征戰的漩渦，素還真居中斡旋，同時接收到征戰背後的真相，從鬼如來口中得到的驚人事實，引發一連串針對厲族的行動，一場闕闐關之會，得知妖后死訊，致使素還真與葉小釵聯合截殺海蟾尊，層層陰謀於焉揭露。 鬼藏元窟之內，聖魔元史再開第二章，魔皇、天之厲、天之佛，三者環環相扣，聖與魔的宿命，佛與厲的糾葛，深藏在無盡天峰與懺罪之牆的諸般恩怨，即將重寫一頁殺伐篇章。
