平凡小镇，生活在五口之家的普通小学生高町奈叶（田村由香里 配音）与好友月村铃鹿（清水爱 配音）和爱丽莎·巴尼斯（钉宫理惠 配音）过着无忧无虑的生活。这一日，她们偶然发现一只类似水貂的动物尤诺·斯克莱亚（水桥香织 饰）。受伤的尤诺得到奈叶等人的救助，谁知接下来小镇便连续出现各种怪物。在尤诺的帮助下，奈叶利用Rising Heart变身成为魔法少女，击败了入侵的怪兽，并且得知关于能量结晶快Jewel Seed的秘密以及自己的使命。此后的日子里，她为了成为合格的魔法少女背着好友们展开修行。这一晚，神秘魔法少女菲特·泰斯特罗莎（水树奈奈 配音）突然出现，与奈叶展开激战。 她们之间的夙缘由此展开……
天尊山降临，灵宝母鼎现世，引发诸神王对“苍天印”、“后土印”、“万民印”的疯狂争夺。初为人父的秦羽为救兄弟侯费，卷入与血海女王等强敌的对抗。当姜澜夺得后土印成为众矢之的，秦羽展现出惊人实力震慑群雄。 然而，万民印的出现带来更惨烈的厮杀。血海女王不惜血染神王夺得万民印，秦羽为夺回此印怒斩强敌。为终结这场纷争，他设下计谋，将觊觎者引入自己的神秘领域，并在此了结宿怨。 最终，三印合一，新的天尊诞生。但旧日恩怨未消，天尊级强者前来寻仇，却引发了意想不到的后果。秦羽的命运，也随之走向一个超越所有神王想象的未知境界。
Freeman来到香港，却有组织内部的叛徒策划阴谋，阻止他对百八龙的继承
在人类的历史和传说中记载着许多妖魔鬼怪的故事，很少有人知道他们是真正存在的，而它们的本来面目竟然是一种植物生命体。日本传说中的荒神也是这种植物生命体。而传说中被从高天原流放的天照大神之弟须佐之男竟然是它们的首领。而传说中他从八歧大蛇口中所救的女孩奇稻田姬则是代代转生，专为封锁荒神而存在的巫女，一旦巫女不能够自然死亡，那么日本所有的荒神就都将在第一时间死亡，但巫女活着又会制约它们的力量。所以历代的奇稻田姬都会在当时政府的严密监护下生活，而荒神们几百年一成不变的矛盾就是又想杀死又不得不保护。 到了藤宫红叶这一代，问题发生了变化，继承奇稻田姬力量的是一对孪生姐妹红叶和枫，由于封印力量的减弱，荒神们又逐渐恢复了力量，而须佐之男竟然也开始慢慢复苏。荒神们制造了一个结界，准备在里面杀死红叶，以确保自身不受影响。但一个神秘的少年草雉，却打算在荒神动手之前抢先杀死红叶。原来草雉是荒神们培养的秘密武器，八歧大蛇把自己的荒神力注入人类孩子的体内，那就是草雉。他为了摆脱控制，决定抢先杀死红叶，以便令所有的荒神死亡。然而，渐渐地他却对红叶产生了另外的感情……
本次剧场版为根据之前TV版再剪辑，由富野制作人重新编写台词让对白更方便理解，并追加全新画面（这次新画面不多，主要是修改对白），预计全5部 欢迎之前看过/没看懂/没看过的朋友们都来看一下本次的新编辑剧场版，观感真的十分完美
