在渺远神秘的银河系中，有一个由各种智慧生命体组成的最高组织，名为“宇宙联邦议会”。这个议会的中心位于银河系边缘的五行星。五行星的居民不仅在外貌上与众不同，他们的文明程度和科技能力也令其他星球的生物难以企及。五行星的居民凭借对宇宙基本法则的深刻理解，灵活运用“五行”原理，使他们在宇宙中显得极为强大，可以说是超级宇宙人。通过这种高度发达的科技与哲理，他们掌握着宇宙的许多秘密。 作为宇宙联邦议会中具有悠久历史和巨大影响力的星球，在最近的一次议会上，五行星获得了宇宙联邦议会下属的“恒星发展指导审议会”的重大批准。他们通过了一项重要的议案——《加速开发被其他生物支配的星球》。这个决定标志着五行星的居民将开始积极介入其他星球的事务，以达到他们的目的。而他们的下一个目标直指地球。五行星居民计划利用他们的先进科技和智慧，以某种方式逐渐操纵人类的思想与行为，试图引导地球向五行星的文明模式发展。这个过程充满了复杂的未知因素，也将为地球的未来带来深远的影响。人类在这一过程中将面临前所未有的挑战与机遇，整个宇宙的格局也因此可能发生巨大的转变。
伊莉雅是一個就讀穗群原學園的普通女孩，有一天被萬花筒之杖的人工天然精靈「魔法紅寶石」強制締結契約，成為「魔法少女伊莉雅」。她在萬花筒之杖前任持有者遠坂凜的命令下，開始被迫幫忙回收階級卡片……
故事发生在二十一世纪初叶，全球气候持续变暖，融化的冰山淹没了大部分陆地，与此同时，名为“雾之舰队”的战舰群从天而降占领了海域，人类的生存空间逐渐遭到蚕食。千早群像（兴津和幸 配音）是一名士官候补生，某日，一艘名为“伊401”的潜水艇出现在了她的面前。就这样，群像成为了潜水艇的驾驶员。 皮肤黝黑大大咧咧的橿原杏平（宫下荣治 配音）、温婉可人足智多谋的八月一日静香（东山奈央 配音）、带着面具十分神秘的织部僧（松本忍 配音），活泼可爱身手敏捷的四月一日伊织（津田美波 配音），一群怀抱着拯救人类之重大理想的战友们聚集到了潜水艇之中，为了夺回本该属于人类的领地和敌人展开了激烈的战斗。
饕餮大军降临天河市，雄兵连奉命出战。在开战惨遭先手的情况下，有序重新组织队伍组织反击，以南海舰队的全部火力一举击沉饕餮先头部队的主力火力舰后最终取得胜利。但与此同时，天使集团、恶魔集团的行动渐渐浮出了水面，世纪大战一触即发！
官方宣布动画化
