在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。 数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
故事讲述突如其来的未知生命体“Gadoll”，使人类长年陷入灭亡的危机，生存下来的人们为了保护自己，建造了高度3,000M 的巨大移动要塞“DECA-DENCE”。 DECA-DENCE的居民分为日夜与 Gadoll 战斗的战士“Gear”，以及没有战斗能力的“Tanker”。憧憬并梦想成为战士的少女・夏目，冷淡的装甲修理人・镝木，不放弃希望、努力向前的少女与舍弃梦想的现实主义男人，看似极端相反的两人，因他们的相遇而让世界的未来有了巨大改变。
十年，最后的最后
影子特工再度来袭！宝石族精灵竟然成了关键所在！东方桃子与伙伴们一边为救治师父森木宇冲击仙蜜试炼赛冠军，一边暗中追查潜伏在参赛者中的卧底，可她并不知道，一个为她量身打造的致命陷阱已在前方静静等候，而这一切竟然牵扯着千年前黑星卡师的秘密。
在某个城市中存在着不为人知的被称为Amazon的吞噬人类的异形的存在。它们的数量，竟达到4000只。制造出这个怪物的元凶正是野座间制药公司！命令名下的野座间Peston Service驱除班秘密处理“Amazon”。 就是在这种情况下，在清洁干净的房屋中一步也不出去的平稳生活着的青年水泽悠和只靠野生的直觉和战斗力的像野兽一样的活着的男人鹰山仁相识，慢慢懂得了在“Amazons”的激烈的生存斗争中生存下去的故事。
